Dotó a su ejército además de un estandarte conocido como «Morir por la inmunidad eclesiástica», el cual reflejaba su pensamiento político y religioso; en total las fuerzas que reunió fueron dos mil hombres.

[8]​ Sus primeras acciones de guerra con un mando independiente fueron en Tecualoya y Tenancingo.

[9]​ Una vez roto el cerco por las tropas insurgentes, se unió a Morelos en Chiautla y en seguida regresó a Izúcar, donde contó con la ayuda de Manuel Mier y Terán para reorganizar sus tropas.

[10]​ Acabado de organizar los montados caños con la ayuda de Don Manuel Terán, emprende su viaje a Tehuacán, en donde Morelos decide nombrarlo su mano derecha o el segundo, mandándolo así a ir inmediatamente a Oaxaca pues se encontraban en un posible ataque por el que tenían que controlar.

A su llegada en el Carmen pudo observar la resistencia opositora de la cual tomo como prisionero al Comandante Régules, finalmente concluyendo así la victoria de Morelos.

Debido a esto Mariano fue encomendado nuevamente en enero de 1813 a atacar las tropas en Oaxaca que se, por parte del Capitán General de Guatemala.

Morelos nuevamente manda a una expedición a Matamoros en el Izúcar, por lo que el 16 de agosto decide partir para ese rumbo, pero al llegar a Tehuhuicingo, se le informó que Nicolás Bravo se encontraba en peligro, de manera que rápidamente Matamoros decide ir en su auxilio, llegando así a Chalchicomula donde posteriormente no sería informado nuevamente de que Bravo ya se encontraba seguro.

Estos realistas se encontraban dirigidos por el teniente coronel Manuel Martínez y del comandante Cándano.

De manera que, al enterarse Matamoros de tal publicación, para demostrar que no existía vulnerabilidad a su regimiento, le dio el nombre del Apóstol San Pedro.

Dicha bandera tenía un diseño similar a la bandera del doliente de Hidalgo con colores rojo y negro y en donde se podía leer la leyenda «Morir por la inmunidad eclesiástica» lo cual da nombre a esta bandera y refleja el pensamiento conservador respecto a la posición de la Iglesia católica en la Guerra de independencia, ya que las reformas borbónicas y la posterior invasión napoleónica a España así como las reformas liberales, habían menguado el poder de esta poderosa institución justificando Matamoros de esta forma su lucha al creer que se buscaba también la protección de la Iglesia frente a las reformas liberales.