Por esta acción, el Congreso de Chilpancingo lo ascendió a coronel.
Si bien Mier y Terán, en su Segunda Manifestación, señaló que el amotinamiento fue un movimiento espontáneo que se inició desde la tropa, por la escasez económica provocada por la llegada del Congreso a Tehuacán; éste decidió encabezar el levantamiento para darle dirección al movimiento anárquico, argumentando que la tropa pretendía un derramamiento mayor de sangre.
En ese mismo año, derrotó al general realista Melchor Álvarez y a sus 700 soldados del batallón de Saboya y del provincial de Oaxaca, más 100 dragones (caballería); los cuales habían sitiado a su hermano Joaquín Mier y Terán en Teotitlán.
Después de varios enfrentamientos con bajas por ambos bandos, decidió regresar con sus tropas a Tehuacán.
En diciembre, Mier y Terán decide dejar su cargo de ministro por las diferencias que tenía con Guadalupe Victoria, mismas que habían sido originadas desde la toma de Oaxaca (1812).
Dicha expedición tendría características similares a las de una empresa científica.
En la Comisión estaban el botánico francés Jean-Louis Berlandier, Constantino Tarnava, Rafael Chovell, José Batres, José María Sánchez Tapia, que poco después fue comandante de los estados internos de oriente.
En 1829, Manuel Mier y Terán pudo tomar revancha de su derrota provocada en Tehuacán por el ejército español.
Había tenido comunicación con el general Mier y Terán, instalado en Tamaulipas, y mediante una carta lo había invitado a organizar un levantamiento contra el gobierno del presidente Anastasio Bustamante.
Presa de la melancolía, desenvaina su espada, coloca la empuñadura sobre una superficie firme y con la punta dirigida hacia su cuerpo, se deja caer para quitarse la vida".
El municipio nuevoleonés de General Terán fue nombrado así en su honor.