[8]​ Desde ahí promueve que el Congreso declare a Guerrero inhabilitado para gobernar.

La prensa clandestina lo llama Brutamante, pero él se gana con su proceder las simpatías del alto clero y del partido masón escocés, que comienzan a dar cauce al conservadurismo.

Cuando estalló en la capital en 1841 la revolución que se llamó de "Regeneración", las cámaras nombraron presidente interino de la república a Francisco Javier Echeverría, porque el presidente Anastasio Bustamante había tomado el mando de las tropas para ir a combatir a los insurrectos, tras varios abandonos y reasunciones de la Presidencia, mediante algunos interinaos, cede el poder definitivamente a Santa Anna.

La inconformidad crece en medio del desbarajuste administrativo y el caos económico, y pronto surge otro conflicto que Santa Anna aprovecha para intervenir quitándole el poder.

Bustamante vuelve a sus viajes por Europa y regresa en 1845, cuando el gobierno de Estados Unidos buscaba pretextos para iniciar la guerra.

En 1846 es nombrado por los centralistas presidente del Congreso, con una nula participación durante la invasión de los estadounidenses.