Fue senador por Jalisco entre 1825 y 1830, además fue el primer presidente de esa cámara.

Más tarde estudió medicina en la Universidad de Guadalajara, graduándose en 1807 y luego fungiendo como profesor.

[5]​ Más tarde, participó activamente en la campaña presidencial de Guadalupe Victoria.

Con respecto a la Iglesia, se prohibió al clero tratar asuntos políticos y vender los bienes que se encontraran en su poder y no tenían alguna utilidad pública beneficiosa o renta económica; los diezmos pasaron a ser voluntarios; desapareció la obligatoriedad civil de los votos eclesiásticos; se suprimieron las sacristías mayores; los edificios jesuitas fueron cedidos a los estados de la Federación, y se ordenó la secularización de todas las misiones de la República; se pusieron en subasta los bienes que detentaban los misioneros de San Camilo, y fue suprimida la censura de prensa en materia religiosa.

En 1838 Gómez Farías volvió al país, y dos años después se unió al levantamiento del general José de Urrea, cuya derrota lo obligó a exiliarse de nuevo.

[12]​ Regresó en 1845, y en diciembre del año siguiente, en medio de la guerra con Estados Unidos, el Congreso lo designó una vez más como vicepresidente.

Posteriormente, ya como diputado, se opuso al Tratado de Guadalupe Hidalgo, pactado con los invasores tras la Guerra con Estados Unidos.

En 1856 fue elegido diputado por Jalisco, y más tarde presidente del Congreso Nacional Constituyente.

Ese día vio con gran satisfacción que su trabajo, sus exilios y fatigas no habían sido en vano.

Presidió el acto jurando fidelidad al documento y fue el primero en firmarlo; acto seguido, 100 diputados prestaron juramento y depositaron el volumen en las manos del presidente Ignacio Comonfort.