Ascendido a coronel, combatió bajo las órdenes del general Guadalupe Victoria.
Múzquiz contaba con el aprecio general a causa de su honradez.
Bustamante lo desairó al negociar con Santa Anna la paz sin tomarlo en cuenta, dejándolo en ridículo.
Ofendido, Múzquiz presentó su renuncia ante el Congreso, pero no fue aceptada; le pidieron que siguiera gobernando.
Días después, cuando Gómez Pedraza era presidente, Múzquiz se presentó en el Palacio Nacional y amonestó públicamente a Gómez Pedraza por la forma en que se introdujo al país y por usurpar la presidencia que legalmente no le correspondía.
En represalia, el presidente Gómez Pedraza dio de baja del ejército a Múzquiz.
Múzquiz respondió que no tenía dinero para mandarlo a arreglar.