Bocanegra firmó su renuncia y se retiró por un tiempo, a la vida privada.

[7]​ Sin una verdadera vocación política, Bocanegra se colocó en los puestos más importantes dentro de la jurisprudencia mexicana, sin fines ambiciosos.

Ocupó el mismo puesto, durante los gobiernos de Nicolás Bravo y Valentín Canalizo.

En 1844 se retiró de la vida política para dedicarse a ejercer su profesión como abogado.

Su sobrino, Francisco González Bocanegra, autor del Himno Nacional Mexicano, murió un año antes que él escondido en el sótano del licenciado José María Bocanegra.

[cita requerida] Estuvo casado con María de Jesús Carranco; con quien procreó tres hijas.