Su padre fue don Carlos Sigüenza, nacido en Madrid, que había sido tutor de la familia real en España y, al emigrar en 1640 al Nuevo Mundo, se integró en la burocracia virreinal para el resto de su vida.
Con un trabajo seguro y experiencia docente, no tuvo dificultades para brindar él mismo la educación básica que necesitaban sus hijos.
En 1662 continúa sus estudios en el colegio Espíritu Santo en la ciudad de Puebla y ese mismo año hace sus votos simples.
En 1667, por indisciplina juvenil, se le pidió que renunciase a la orden (ver Peraza-Rugeley).
[12] y Fabio López Lázaro[13] han ofrecido pruebas documentales tomadas de varios archivos que prueban que Infortunios es un relato biográfico denso y complejo basado en la vida de un personaje real aunque muy escurridizo.
Sigüenza mencionó en sus escritos esta plaga conocida como Chiahuiztli, voz náhuatl para designar la roya del maíz.
Las multitudes saquearon los comercios de los españoles europeos, provocando numerosos incendios en los edificios del gobierno.
En sus últimos años dedicó mucho tiempo a coleccionar material para una historia del México antiguo.
Lamentablemente, su muerte interrumpió ese trabajo que no fue retomado hasta 80 años después, cuando la conciencia criolla, representada por Francisco Javier Clavijero se había desarrollado lo suficiente para interesarse en la identidad de su nación.