En el cuerpo inferior se observan esculturas que representan la gloria del matrimonio cristiano y a los cuatro evangelistas.
Esta riqueza en retablos es respaldada por murales y enormes lienzos firmados también por Miguel Cabrera, que representan a Dios Padre, el Espíritu Santo, El Purgatorio, y el Patrocinio de la Virgen a los Jesuitas.
En 1859, con las Leyes de Reforma, fueron declarados propiedad del estado, así como se hizo con otros conventos y seminarios del país que se ocuparon como cárcel; pero esto último, la población no lo permitiría.
El templo continuó abierto al culto hasta el año 1958, con el comienzo de las restauraciones y adecuaciones para convertirlo en el Museo nacional del virreinato.
Después en 1933 fueron declarados monumento nacional, en 1964 quedaron a cargo del Instituto Nacional de Antropología e Historia y en 2010 el templo fue declarado Patrimonio de la Humanidad.