El historiador jesuita Fidel Fita dice que ocurrió en 1496 pero Cándido de Dalmases lo atrasa hasta entre 1504 y 1507.

Cuando Isabel la Católica murió en 1504 numerosos objetos que habían pertenecido a la soberana pasaron por la casa del contador mayor en Arévalo y fueron vendidos.

[41]​ También entabló amistad con Alonso de Montalvo, un paje del contador mayor que llegaría a ser un noble muy rico.

[44]​[45]​ Fernando el Católico estuvo con Juan Velázquez en Segovia, Burgos, Valladolid, Tordesillas, Medina del Campo, Madrid y Toledo.

Esto no suponía un perjuicio económico para Juan Velázquez, pero él se negó y puso Arévalo en pie de guerra.

[53]​ Según el propio san Ignacio, los huesos fueron colocados mal en la primera cura y hubo que operarle otra vez.

Esta regla le gustó a san Ignacio, pero finalmente no se hizo de esa orden.

Tras atravesar las regiones del Véneto, Emilia-Romaña, Lombardía y Liguria llegó a la ciudad de Génova, donde tomó un barco para Barcelona.

En el hospital conoció a Juan Reynalde, un paje herido del virrey de Navarra que decidió seguirle también.

[92]​ San Ignacio y Calixto permanecieron en el convento tres días, en los cuales hubo división entre los mismos dominicos sobre qué hacer con ellos.

Estas opiniones llegaron al inquisidor Mateo Ory, que decidió no llevar a cabo ninguna acción contra él.

[100]​ San Ignacio reunía a estudiantes los domingos en un convento cartujo para hablar de espiritualidad, confesarse y comulgar.

Se encontraba mal del estómago y los médicos terminaron por recomendarle el ambiente de su localidad natal.

También, según Polanco, quería dejar una nueva imagen de sí mismo en Azpeitia para enmendar sus malos ejemplos del pasado.

[119]​ San Ignacio y sus compañeros esperaron en Venecia hasta la Pascua, cuando podían pedir en Roma el permiso para peregrinar a Jerusalén.

[123]​ Mientras esperaban un barco que zarparse en dirección a Tierra Santa decidieron separarse para dar misa y predicar.

Los jesuitas Jerónimo Nadal y Ribadeneneira escribieron que la voz le dijo, simplemente, "Yo os seré propicio".

San Ignacio se dedicó a dar sus ejercicios espirituales mientras sus dos compañeros daban clases en la Universidad de Roma.

[130]​ Cuando san Ignacio y Ortiz regresaban a Roma desde Montecasino se encontraron con el eldanense Francisco Estrada.

[132]​ Hacia junio de 1538 san Ignacio y sus compañeros se trasladaron a otra casa, cerca del Puente Sixto.

San Ignacio fue recibido en audiencia por el papa en agosto en Frascati y le pidió que se iniciase un proceso para esclarecer su inocencia.

No quedó conforme con ser él general, diciendo que prefería obedecer a mandar, y pidió una nueva votación.

En 1543 propuso que los médicos dejasen de prestar servicios al enfermo si se negaba tres veces a recibir los últimos sacramentos.

[148]​ San Ignacio insistió mucho a los cardenales Gian Pietro Carafa y Juan Álvarez de Toledo para que se instaurase la Inquisición en Roma.

Ignacio no le hizo caso a esta demanda pero ella recurrió al papa directamente y consiguió lo que buscaba.

Finalmente, Isabel pidió perdón por su actitud, san Ignacio la encaminó a ser clarisa en Barcelona y continuaron la relación por carta.

No obstante, el jesuita Nadal dijo que, según san Ignacio, en las constituciones lo único escrito por Polanco era lo referido a los colegios.

Entre 1582 y 1584 el papa Gregorio XIII construyó una nueva sede del conocido como Collegio Romano, que pasó a ser posteriormente la Pontificia Universidad Gregoriana.

En este territorio había 30 jesuitas diseminados por Pernambuco, Porto Seguro, Río de Janeiro, São Vicente y Piratininga.

En Deusto (distrito de Bilbao, Vizcaya), un barrio y su estación del metro (San Inazio) se llaman así en su memoria.