Está dedicado a la exhibición, difusión e investigación del Virreinato de la Nueva España.

Aquí se fundaron tres centros de aprendizaje: una escuela para enseñar las lenguas indígenas a los evangelistas jesuitas, una escuela para niños indígenas y el Colegio de San Francisco Javier, para capacitar a los padres jesuitas.

Los jesuitas llegaron a Tepotzotlán en la década de 1580 y se instalaron en las estructuras locales.

Maldonado hizo una importante donación a los jesuitas con el fin de inaugurar una escuela para niños indígenas.

Esta escuela fue nombrada San Martín, en ella se enseñaba música, religión, lectura, y la escritura en español.

La escuela continuó creciendo en prestigio y tamaño hasta 1767, cuando los jesuitas fueron expulsados de todos los territorios pertenecientes a España, por lo cual la Corona española tomó posesión de todas las propiedades controladas por los Jesuitas.

También sirvió como un lugar para enviar sacerdotes que habían "cometido algún tipo de error.

A causa de las malas condiciones en los centros penitenciarios, en ese momento, se decidió utilizar los antiguos monasterios y conventos para dicho propósito.

Más tarde, este hecho sería considerado de nuevo por Porfirio Díaz, pero no llegó a realizarse.

[1]​ Durante la Revolución Mexicana, la escuela siguió funcionando con el padre Gonzalo Carrasco como el decano.

Sabiendo que Carrasco fue un pintor, Coss le ordenó pintar un retrato de Venustiano Carranza y renunciar a su collar sacerdotal.

[1]​ El Colegio fue abandonado por los jesuitas por las buenas en 1914 y la iglesia se abrió al público.

[2]​ El Museo es considerado como uno de los más impresionantes en el país tanto por su colección, como por la estética del edificio que lo alberga.

La remodelación de la universidad comenzó en 1961 y terminó tres años más tarde, bajo la dirección del entonces presidente Adolfo López Mateos.

Las esculturas incluyen trabajos realizados en "estofado" y "encarnado", dos técnicas que eran populares en ese momento.

También hay piezas realistas con cabello, ojos de cristal y dientes reales.

[2]​ La Iglesia de San Francisco Javier ya no se utiliza para los servicios religiosos y ahora es parte del museo.

Cuentan con columnas estípites de barroco y se realizaron en el siglo XVIII por Higinio Chávez.

[1]​ En el retablo mayor se encuentra una pintura de Dios, el Padre, en la corona realizada por Miguel Cabrera.

Debajo hay una imagen de la Inmaculada Concepción con San Joaquín y Santa Ana a sus costados.

Es la única parte del museo que aun preserva su función y servicios religiosos.