Allí estudió 3 años de Gramática, Humanidades y Retórica.
A los 15 años Estanislao dedicaba grandes ratos a la oración, y — según el proceso de beatificación — dijo haber experimentado éxtasis; además añadía durísimas mortificaciones y ayunos.
Nació en él la vocación a la Compañía de Jesús, pero su familia se oponía.
Estanislao decidió entonces abandonar a su familia y marcharse a Dillingen, en Alemania, donde el provincial jesuita de aquel entonces, el padre Pedro Canisio (que más tarde sería canonizado), lo probó y después lo envió a Roma.
Por verlo aparentemente sano, nadie había hecho caso de sus palabras.