Otro factor que influyó en la dedicación a San Luis es que los jesuitas quisieron tender puentes con la monarquía española y concretamente con la nueva dinastía francesa iniciada con Felipe V de Borbón, para evitar ser expulsados.
Volvieron en 1817, hasta que la nueva expulsión de 1835 les obligó a abandonar definitivamente el conjunto.
Esta institución ha venido destinando desde el año 1984 importantes partidas económicas para la recuperación integral de este monumento.
El segundo cuerpo consta de cinco ventanas, la central enmarcada por columnas salomónicas.
Los jesuitas habían proyectado construir una plaza delante para que se pudiese ver la cúpula y la fachada, sin embargo nunca llegaron a realizarla.
Solamente las dos medias columnas salomónicas del altar mayor son originales, el resto pertenecen a la última restauración.
Las columnas de piedra tienen un estuco para poder pintarlas aunque nunca llegaron a hacerlo.
[2] En la parte que queda por debajo del coro las pinturas dispuestas sobre la puerta principal de la iglesia están dedicadas a San Ignacio de Loyola y fueron realizadas por Domingo Martínez en torno a 1743.
En un contexto cristiano las Gracias conservan la interpretación que les otorgaba Séneca, como triple imagen de la liberalidad: dar, aceptar y devolver beneficios o dones."
[3] San Luis es un noviciado, un lugar que sirve para educar por lo tanto está repleto de signos con múltiples significados.
Por otra parte el espejo remite al lema "Speculum sine macula" atribuido a la virgen María.
Se levanta sobre un tambor circular y cuenta con amplias ventanas que le dan gran luminosidad.
Frente a la figura de la Religión ya descrita, se encuentran las pinturas al fresco realizadas por Lucas Valdés que representan la eucaristía.
En el siguiente cuerpo se distinguen las figuras alegóricas de las virtudes cristianas que deben poseer el buen sacerdote: mortificación, obediencia, pobreza, amor a Dios, religión, amor al prójimo, castidad, oración y humildad.
Fue la capilla dedicada al culto privado de los novicios y padres que habitaban el conjunto.
Presenta una única nave y sus dimensiones son más reducidas pues se utilizaba como iglesia privada a la que no tenían acceso los fieles.
Debido a que al autor le interesaba permanecer refugiado el mayor tiempo posible, se esmeró en cada detalle, e incluso trabajó las partes posteriores.
Está inspirado en la figura 71 del primer libro escrito por el hermano jesuita Andrea Pozzo.