Fue canonizado por la Iglesia católica con el nombre de san Francisco Javier.
Destacó por sus misiones que se desarrollaron en el oriente asiático y en Japón.
Tras la invasión parcial del Reino de Navarra por las tropas castellano-aragonesas con fuerte presencia guipuzcoana, se produjeron varias contraofensivas de los leales a los Albret, en este caso con fuerte apoyo francés, luchas que duraron hasta 1530.
La parte surpirenaica de la Alta Navarra, con la que se consuma la Corona de España (entendido el vocablo de acuerdo a la usanza actual, esto es, sin incluir Portugal) mantendría sus instituciones, privilegios y denominación como Reino hasta el siglo XIX en que se transforma en una provincia foral.
Aunque al principio no sintió simpatía por Ignacio de Loyola, terminó siendo su mejor amigo y colaborador.
Sus hermanos, miembros del ejército de Juan III, fueron encarcelados por ello.
Antes había cursado estudios en diferentes ciudades navarras, y los ultimó en Pamplona.
En septiembre de 1528 fue a estudiar a París, donde conoció al que sería su mejor amigo, Íñigo de Loyola, posteriormente san Ignacio de Loyola, quien nunca le dejó solo en los momentos difíciles en París y siempre le ayudó, como por ejemplo, cuando Francisco sufrió problemas económicos.
En Roma visitan al Papa Paulo III para pedirle su bendición antes de emprender el viaje a Tierra Santa, viaje que no se iba a poder realizar por haber entrado en guerra Venecia con Turquía.
Llegan a Venecia y es ordenado sacerdote el 24 de junio.
Para ese viaje, Francisco fue nombrado por el papa legado suyo en las tierras del Mar Rojo, del Golfo Pérsico y de Oceanía, a uno y otro lado del Ganges.porque El viaje a Lisboa fue por tierra y paró en Azpeitia (Guipúzcoa), para entregar cartas de Ignacio de Loyola a su familia.
En Lisboa estuvieron un tiempo, hasta que fue designado Francisco para ser el enviado a las Indias.
Para lograr un acercamiento más intenso se dedica a aprender la lengua del país.
Una vez que ha organizado ese territorio, parte hacia Manapar y el distrito sur.
Recorre diferentes islas de la región y en Baranula (Ceran), según cuenta la tradición, un cangrejo le devuelve el crucifijo que había perdido durante una tempestad.
De allí sale a las islas del Moro, donde pasa otros tres meses.
Para responder a las preguntas que los transeúntes realizaban se valía de un intérprete.
Un mes después y dejando algunos conversos, Francisco Javier se vuelve a la India alertado por las noticias que le llegan.
Esta isla era el lugar de encuentro entre los mercaderes chinos y portugueses.
Después de 3 meses lo desenterraron para trasladarlo a Malaca, y al revisar el cuerpo vieron que estaba fresco, como si estuviera vivo.
En Malaca lo recibieron con entusiasmo y a su llegada, cesó la gran mortandad que había.
[15] Son muchas las obras que han reflejado al Apóstol de las Indias en pintura y escultura.
Célebres artistas, como Murillo, Rubens, Van Dyck, Luca Giordano, André Reinoso y Goya, han inmortalizado con sus pinceles al Santo de Javier.
Francisco Javier se convirtió a partir del siglo XVI en un ideal como misionero en tierra pagana.
Esto ha dado lugar a una muy abundante obra que trata de su figura.