En lo que sería una larga contienda no hubo prácticamente enfrentamientos armados, consistiendo en expediciones, asedios más o menos pasivos, destrucción de cosechas y otros sabotajes.

Sobre la disputada cuestión sucesoria —Carlos de Viana había muerto tres años antes y sus derechos a la Corona navarra habían pasado a su hermana doña Blanca— se ocuparían las Cortes de Navarra.

Pero estas no tuvieron oportunidad de tratar el tema porque pocos días después moría doña Blanca en su cautiverio del Bearn.

Los agramonteses, por su parte, tenían su origen en Leonel de Navarra, hijo bastardo del rey Carlos II.

En Navarra, de forma tradicional, no era habitual conceder a los nobles señoríos territoriales y jurisdiccionales, o si se otorgaban era en pago a algún servicio y sin carácter hereditario, pero Carlos III lo modificó y abrió la posibilidad a los nobles de obtener estos privilegios feudales dentro del reino.

Aunque hubo algunos choques militares el conflicto se resolvió momentáneamente con la reconciliación entre padre e hijo en marzo de 1451.

[21]​[22]​ Este tratado supuso, pues, la ruptura definitiva entre el Príncipe de Viana y su padre, lo que daría inicio a la guerra civil.

[21]​[25]​ Sin embargo, su derrota no amilanó a los beaumonteses que se prepararon para continuar la guerra con Juan de Beaumont al mando y contando con el apoyo de la Montaña navarra y de algunas villas del Llano como Olite y Lerín, mientras que don Juan se hacía fuerte en la Ribera del Ebro.

[33]​[34]​[35]​ Por su parte José María Lacarra, citando a Desdevises du Dezert, destaca la ilegalidad de la decisión de don Juan pues este «no tenía ningún derecho sobre Navarra, y aun admitiendo que lo hubiera conservado en usufructo, este lo perdió con su segundo matrimonio (1447).

El nuevo rey Enrique IV se atuvo a lo establecido en la Concordia de Valladolid y mantuvo la paz con don Juan.

También consiguió que don Juan paralizara el proceso que había iniciado contra su hijo, todo ello a la espera del fallo arbitral del Magnánimo, pero este nunca llegó a producirse pues don Alfonso falleció el 27 de junio de 1458.

«El príncipe quedó, pues, totalmente desarmado frente a su padre, y por tanto sin fuerza para poder hacer valer unos derechos que éste le negaba insistentemente», concluye José María Lacarra.

Según este tratado de paz entre Juan II y Enrique IV el pleito sucesorio navarro sería resuelto por una junta formada por tres representantes del rey de Castilla y tres del rey de Aragón, reservándose la última palabra el rey castellano si no se alcanzaba ningún acuerdo.

Como ha destacado Lacarra, «la paz acordada por su padre con el rey de Castilla, el 26 de agosto, fue el golpe que deshizo todas las esperanzas e ilusiones del príncipe: ni matrimonio con Isabel, ni apoyo de Enrique IV —a quien dos meses antes miraba como a un padre—, ni recuperación del reino».

[57]​ Según José María Lacarra, «la muerte del príncipe se atribuyó a veneno suministrado por su madrastra.

La realidad es que la salud del príncipe, siempre precaria, se había resentido durante su estancia en Italia; de Mallorca salió porque los aires no le convenían; las prisiones y las emociones de los últimos meses fueron debilitando su cuerpo... Su muerte hay que atribuirla a un proceso avanzado de tuberculosis, según reveló la autopsia».

Durante el recorrido desde Olite doña Blanca hizo constar sus protestas y en San Juan de Pie de Puerto encomendó su persona y sus derechos, entre otros, a su antiguo marido el rey Enrique IV de Castilla para que pudieran pedir su libertad y recuperar el reino.

Cuando el 29 de abril ya sabe que la van a sacar del reino hace otra protesta acusando a quienes «habían sido causa e causadores de los graves danyos e muerte del glorioso señor príncipe don Carlos» y al día siguiente cede sus derechos al trono navarro a Enrique IV en caso de que no pudiera recuperar la libertad o de que no tuviera descendencia.

Además acusa a su padre de ser el «principal percuptor y destruidor de mi honor, heredad e derechos» y solo suplica «al Señor Dios que le quiera perdonar aqueste tan grave caso e pecado contra mi (que soy su carne propia) cometido, e lo quiera yluminar el entendimiento, de manera que venga en conoscimiento e faga verdadera penitencia».

Como ha señalado Lacarra, «Luis XI se desentendía del asunto de Estella; el conde de Foix y Juan II estaban interesados en que la sentencia no se cumpliera en esta parte».

En él se estableció una tregua de un año y tras este tratado los beaumonteses abandonaron su enfrentamiento con Juan II.

En compensación Juan II le devolvió todas las fortalezas y lugares que tenía en Navarra.

Se dijo que había muerto envenenada por orden de su hermana Leonor.

Sin embargo, en distintos documentos oficiales siguió reafirmando la sucesión en su hijo Fernando.

Para ello, como garantía obtuvo el control de las plazas de Pamplona, Viana, Puente la Reina, Huarte-Araquil, Lumbier, Torralba, Zúñiga, Artajona, Larraga, Lerín, Mendavia, y Andosilla entre otras, que se sumaban a las que ya controlaba Castilla desde 1463, como Laguardia, San Vicente y Los Arcos.

Aliados y cómplices del rey consorte castellano, los beaumonteses consolidaron su posición.

Esta se casó el año siguiente con Juan III de Albret.

Fernando II pasaba a controlar importantes villas y fortalezas además de mantener una guarnición militar en Olite dirigida por Juan Ribera.

En 1497 los reyes Católicos pretendieron anexionarse Navarra mediante un acuerdo con el monarca francés, quien a cambio recibiría Nápoles.

En los años siguientes se intentan varios acuerdos prematrimoniales con la misma intención sin llegar a plasmarse.