Los estudios arqueológicos señalan una densa ocupación prehistórica de los cerros que bordean la ciudad actual y de los situados en su término municipal, al menos desde la Edad del Bronce (siglos XXIII-XI a. C.).
Estos poblados celtibéricos que encuentran, y a veces destruyen, los conquistadores romanos se corresponden a los pobladores berones que citan las fuentes clásicas.
Durante el periodo romano, la Nájera actual forma parte de Tritium Magallum (Tricio), localidad situada a dos kilómetros, en cuya proximidad se han encontrado abundantes alfares y restos de Terra sigillata.
Durante el periodo musulmán se levanta un castillo refugio en la cumbre del cerro que domina Nájera, plaza que será fundamental en el control de La Rioja Alta y de la frontera cristiana.
Según algunas fuentes, a la población le dieron los árabes el nombre de Náxara (“Lugar entre peñas” o “Lugar al mediodía”) y a su río Nalia le llamaron Naxarilla.
En junio de 1076, Sancho IV es asesinado por su hermano Ramón en Peñalén, actual Funes.
Los conflictos que provoca este acontecimiento desembocan en la división del reino.
Nájera se vio envuelta en la lucha fratricida entre Pedro I, el Cruel, y Enrique de Trastámara.
Los vecinos de Nájera no aceptaron sino que dispararon la artillería contra las fuerzas del duque.
Del combate solo hubo dos muertos, pero otros cuatro individuos, entre ellos el bachiller Castillo, serían ejecutados inmediatamente por su participación en la rebelión.
[5] Durante la Guerra de la Independencia Española contra las tropas de Napoleón fue ocupada por los franceses, que confiscaron bienes e impusieron fuertes contribuciones a los najerinos, saqueando cuanto de valor material y artístico hallaron en la ciudad, especialmente en Santa María la Real.
En Semana Santa, se celebra la Feria del Mueble, el evento ferial mueblístico más importante del norte de España dirigido al público en general.
[9] Fue mandado construir por el rey García Sánchez III de Pamplona como sede episcopal y como futuro panteón real para su familia.
Comenzó a construirse tras la conquista cristiana de Calahorra en 1045, y fue consagrada en 1052 sin haberse concluido las obras.
La denominación adecuada es Real Capilla y Parroquia de la Santa Cruz.
La primitiva parroquia de la Santa Cruz se fundó en 1052 y estuvo situada en una capilla dentro del monasterio de Santa María La Real hasta su separación en 1230 por un decreto del papa Honorio III.
El arquitecto Juan de Raona le adosó una cúpula semiésferica sobre pechinas, rematada por una linterna con cuatro ventanas.
Todavía hoy sigue siendo propiedad de los herederos del fundador, y no está abierta al público.
A mediados del siglo XVII el castillo estaba ya en ruinas.
En el siglo presente se están haciendo excavaciones que han sacado abundantes restos a la luz, entre ellos interesantes mosaicos.
Unas tienen carácter divulgativo y otras científico, por lo que no todas se encuentran expuestas.