[1]​ Por tanto, la cuenca del Najerilla se encuentra geográficamente entre dos comunidades autónomas: en la CC.AA.

En este tramo recibe los ríos Tobía, Ledesma, Pedroso y Canto Grande.

En este tramo recibe a los ríos Yuso, Yalde y Tuerto.

Esto provoca que durante los meses de invierno se concentra la nieve en las montañas disminuyendo el caudal del río, mientras que durante la primavera, a causa del deshielo de la nieve y las precipitaciones características de la primavera el caudal aumente, alcanzando los máximos caudales anuales.

Actualmente los caudales máximos se producen en verano, y los mínimos en octubre.

Existen dos canales principales: A lo largo del curso del río Najerilla, principalmente entre Mansilla de la Sierra y Bobadilla, existen 6 centrales hidroeléctricas que producen energía eléctrica, a las que hay que sumarle las 2 centrales existentes en el río Cárdenas.

Es uno de los principales ríos riojanos para la práctica del piragüismo en aguas bravas.

En la parte inicial de su cauce, junto a él, se encuentra la carretera LR-113.