Durante los primeros años de su vida, Berenguela fue la heredera nominal al trono castellano, pues los infantes nacidos posteriormente no habían sobrevivido; esto la convertía en un partido muy deseado en toda Europa.
Seguramente influida por su abuela Leonor de Aquitania, a quien no interesaba tener un Hohenstaufen como vecino en sus dominios franceses, Berenguela solicitó al Papa la anulación del compromiso.
Estos temores se demostrarían sin fundamento y la acción emprendida carente de objeto cuando en 1196 el duque fue asesinado.
En 1197 Berenguela se casó en Valladolid con Alfonso IX, rey de León y su pariente en tercer grado.
Al ser la segunda anulación para Alfonso, ambos esposos solicitaron vehementemente una nueva dispensa para permanecer juntos.
Pero Inocencio III, uno de los pontífices más duros en cuestiones matrimoniales, se la denegó, aunque concedió que su descendencia fuese considerada como legítima.
Al adelantarse, Berenguela evitaba que ese eventual marido pudiera reclamar el trono leonés en perjuicio de Fernando.
Gobernó Castilla y León con la habilidad que siempre la caracterizó, asegurándole el tener las espaldas bien cubiertas.
Se entrevistó por última vez con su hijo en Pozuelo de don Gil, actual Ciudad Real, en 1245, tras lo cual volvió a Castilla donde falleció al año siguiente.