Tuvo varios hermanos, entre ellos, el rey Enrique I y la reina Berenguela, madre de Fernando III de Castilla.

El nacimiento de Fernando frustró ese reconocimiento y también sus esponsales quedarían sin validez.

El cortejo fúnebre que condujo el cadáver del infante Fernando hasta la ciudad de Burgos estuvo formado, entre otros, por su hermana la infanta Berenguela, por el arzobispo de Toledo Rodrigo Jiménez de Rada, y por otros prelados y miembros de la nobleza.

Los restos mortales del infante Fernando yacen en un sepulcro de piedra caliza, colocado en la nave de Santa Catalina o del Evangelio de la iglesia del monasterio, y se halla a su lado izquierdo el sepulcro que contiene los restos de su hermano, el rey Enrique I, y a su lado derecho el sepulcro que se supone contiene los restos del infante Manuel de Castilla, hijo de Fernando III de Castilla y padre del escritor Don Juan Manuel.

[6]​ Durante la exploración del Monasterio de las Huelgas llevada a cabo a mediados del siglo XX se comprobó que los restos mortales del infante Fernando de Castilla, momificados, se hallaban incompletos.