Por una parte, se encontraba su madrastra Urraca López de Haro, la cual quería eliminarlo, pues pretendía que su hijo Sancho fuera el que heredara el reino, a pesar de haber nacido más tarde.
Urraca argumentaba que Alfonso IX no tenía derecho al trono porque el matrimonio entre sus padres había sido anulado.
El inicio del reinado fue sumamente complicado pues los portugueses y castellanos ambicionaban las tierras del reino de León por el este y por el oeste, mientras que los almohades suponían un gran peligro por el sur.
Las Cortes se reunieron en el claustro de San Isidoro bajo la presidencia del rey leonés.
La reunión consistía en una ceremonia para investir a Alfonso IX caballero,[6] y, como era costumbre en estos casos, Alfonso IX besó la mano del rey castellano, recibiendo por parte de este la espada y el cinturón propios de un caballero.
Alfonso IX, viendo la situación, se dio cuenta del grave peligro que corría su reino.
Primero se entrevistó con Sancho I de Portugal y concertó el matrimonio con la hija del rey, la infanta Teresa, que más tarde se llamaría Santa Teresa de Portugal.
Alfonso IX, por su parte, firmó el tratado por la poca confianza que tenía en Alfonso VIII, rey de Castilla, quien a pesar del convenio de Carrión seguía sin devolverle las plazas leonesas que aún retenía.
Avanzó más tarde hacia el norte hasta Astorga, ciudad que también atacó fracasando en el intento de nuevo.
[9] En el tratado, Alfonso IX se comprometió a casarse con Berenguela, hija mayor del rey de Castilla.
Así esperaba derrotar solo a los almohades y no compartir su gloria con el monarca leonés.
Alfonso IX se encontraba muy cerca de la batalla cuando el rey castellano decidió atacar, pero no lo suficiente para que las tropas leonesas pudieran intervenir en el combate y hacer algo por derrotar a los musulmanes.
No obstante, una vez consumada la derrota, Alfonso IX se citó en Toledo con su primo el rey castellano para demandarle que cumpliera el acuerdo y le devolviera las plazas leonesas en su poder.
Una vez más, los almohades representaban una amenaza que debía ser eliminada para asegurar la supervivencia de los reinos cristianos peninsulares.
En Castilla, se temía el poderío del reino de León, ya que hacía poco había demostrado su poder derrotando a los portugueses en batalla.
Por ello, Alfonso VIII pidió la mediación del papa, para evitar cualquier ataque leonés.
Tal como había temido Alfonso VIII, el rey leonés procedió a recuperar lo que era suyo.
Para no violar el edicto del papa y evitar la excomunión, se dedicó a recuperar solo aquellas plazas que estaban dentro de las fronteras de León, evitando así el enfrentamiento en tierras castellanas.
Cuando Alfonso VIII volvió de la batalla y se encontró con los hechos consumados, no pudo hacer nada.
[13] Al año siguiente, se volvió a intentar la toma de Cáceres, fracasando nuevamente.
[13] Así, en 1230 serían conquistadas Mérida —tras largo asedio—,[14] Badajoz, Elvas —las dos abandonadas por los defensores— y Baldala (actual Talavera la Real).
[14] Después de esta campaña, Alfonso IX se dirigió a Santiago de Compostela a visitar al Apóstol Santiago, por el cual sentía gran devoción, para agradecerle su protección y ayuda en la reconquista.
Aplicó sobre todo técnicas parecidas a las que en su día siguieron Alfonso III y Ramiro II.
No solo se dedicó a repoblar zonas nuevas, sino que también potenció las ya pobladas mediante Fueros para mejorar el gobierno y el desarrollo de las villas y ciudades del reino de León.
[15] Así, La Coruña pasa a ser un enclave que depende directamente del rey, libre de vasallaje al clero o a los señores feudales que se repartían el resto del territorio galaico.
En Asturias, la producción de manzana era enorme, y como normalmente había un gran excedente, este era usado para producir sidra.
Alfonso IX llegó a sorprenderse cuando le comunicaron que varias comunidades monásticas asturianas cosechaban las manzanas para después elaborar sidra para todo el año.
En 1208, el obispo Tello Téllez de Meneses había creado un Estudio general en Palencia (que acabó convirtiéndose en Universidad en 1263, cuando estaba a punto de desaparecer), un estudio donde los leoneses tenían difícil acudir debido a los continuos choques entre León y Castilla.
[17] Actuaría como garante del testamento la Orden de Santiago, creada por los monarcas leoneses.
[17] Sin embargo, Fernando III reclamó los derechos que decía tener por su condición de hijo del anterior matrimonio.