Sancha contraería matrimonio con Alfonso II de Aragón.

[c]​ Se vio rodeado desde el principio por los magnates leoneses y gallegos, como los condes Ponce de Minerva, Ramiro Froilaz, Pedro Alfonso y Fernando Pérez de Traba.

Por esas fechas, restauró y repobló las ciudades de Ledesma y Ciudad Rodrigo, y ello provocó que los habitantes de Salamanca que, al parecer, habían comprado la ciudad de Ledesma, tomaran las armas contra el rey y los magistrados de Ledesma; cuando el rey Fernando tuvo conocimiento de ello, marchó con su ejército contra los sublevados y los obligó a retornar a su ciudad.

Cuatro años después fue nombrado alcalde de León, siendo su deber controlar y estar al mando de las fortalezas existentes en la ciudad, hasta el año 1182, en que dejó el cargo.

Fernando II de León repobló Ciudad Rodrigo, y el soberano de Portugal, sospechando que su yerno la fortificaba con el propósito de atacarle en el futuro, envió contra aquella plaza un ejército mandado por su hijo y heredero, el infante Sancho de Portugal.

Acudió el rey de León en auxilio de la plaza sitiada y, en un encuentro que tuvo con las tropas portuguesas, las puso en fuga, capturando numerosos prisioneros.

Ello provocó la oposición del rey Fernando, quien argumentó que Badajoz le pertenecía.

Al mismo tiempo, Fernando II capturó a Gerardo Sempavor.

Los musulmanes fueron derrotados y sólo pudieron conservar su libertad aquellos que se dieron a la fuga.

En el año 1175, el rey Fernando se vio obligado a repudiar a su primera esposa, la reina Urraca de Portugal al anular el Papa Alejandro III su matrimonio tras diez años de producirse, ya que eran parientes en tercer grado y eran primos segundos.

Durante su reinado se fundó la Orden de Santiago y el papa Alejandro III concedió la gracia del año santo jubilar jacobeo (Bula Regis Aeterni, año 1181) como perpetuo.

El rey donó a su esposa los castillos de Aguilar y Monteagudo.

Para lograr su propósito la reina Urraca sostuvo que el nacimiento del infante Alfonso era ilegítimo, ya que el matrimonio de sus padres había sido anulado debido a los lazos de sangre existentes entre ambos cónyuges.

Sobre un sepulcro de piedra liso se halla colocada la estatua yacente que representa al difunto rey, que aparece ataviado con túnica y manto, ceñida la frente con corona real, y su cabeza aparece representada con cabello rizado y con barba, hallándose el brazo derecho del soberano levantado y colocado a la altura de su cabeza, mientras que su mano izquierda reposa sobre su pecho.

[13]​ La estatua yacente que representa a Fernando II de León ha sido fechada en la primera mitad del siglo siglo XIII, y fue realizada después de la defunción del rey, que falleció en el año 1188, lo que ha llevado a considerar que debió ser encargada por el heredero del rey, Alfonso IX de León.