Se desconoce su fecha de nacimiento, pero algunos autores afirman que nació aproximadamente entre los años 1215 y 1218,[5][14][15] aunque según Manuel Villar y Macías debió nacer hacia el año 1200 o tal vez antes.
[16] Su madre fue una dama llamada Maura,[14] aunque nada se sabe de su filiación, y la historiadora Inés Calderón Medina afirmó que se desconocen «qué motivaciones personales o políticas llevaron al rey (Alfonso IX de León) a relacionarse con esta misteriosa mujer».
[20] Y en 1223 el rey Alfonso IX de León donó a su hijo Fernando Alfonso la aceña de Monasterio en Salvatierra, que anteriormente había pertenecido a su tío materno, el arcediano Pedro Pérez.
[21] Alfonso X el Sabio, que era sobrino de Fernando Alfonso, le nombró, según Villar y Macías, deán de la catedral de Santiago de Compostela, y está documentado que ya ocupaba ese cargo en el año 1255,[20] y López Ferreiro señaló que «por su experiencia, y por la práctica que tenía en los negocios, conservaba cierto prestigio, que le hacía respetable, no sólo á todas las personas de la Iglesia, sino á los mismos burgueses y al Concejo compostelano».
[4][3][12] Además, el deán Fernando Alfonso fundó también otro aniversario en la catedral de León, y hay constancia de que dejó al cabildo catedralicio leonés dos mil maravedís para ese propósito.
[20] Fernando Alfonso de León falleció en Salamanca en 1285,[5][33][13][34] y el día 10 de enero,[5] según consta en su epitafio,[35][13] pero Villar y Macías afirmó que falleció en 1286, basándose en una incorrecta copia del mismo,[20][c] y Calderón Medina, por su parte, aseguró que debió fallecer aproximadamente entre 1281 y 1286, ya que en esta última fecha su hijo Juan Fernández recibió «en renta» algunas posesiones que su padre había recibido a su vez del cabildo catedralicio de Salamanca.