Reconoció a Fernando el Católico, que le llamaba "mi bienamado consejero" y siguió siendo miembro del Consejo Real hasta su muerte en 1515.
Todo ello le produjo un gran disgusto al comprobar la pérdida de su poder político y feudal.
Y participaron también en el tercero, que acabó con la derrota del ejército franco-agramontés en Noáin (1521).
El castillo y domicilio familiar en Javier, que fue demolido en 1517 por orden del Cardenal Cisneros, fue reconstruido como palacio, una vez perdida su utilidad militar.
Finalmente, el linaje de los Jaso acaba fundiéndose con la nobleza castellana.