Al igual que la Iglesia romana, el monograma IHS preside la impresionante fachada barroca.

Contrariamente a la opinión general, la iglesia no fue construida para albergar el cuerpo del misionero.

El monumento adquirió su forma definitiva en 1698: Cosme III de Médici, Gran Duque de Toscana envió a Goa mármoles y al escultor florentino Giovanni Battista Foggini para construir un mausoleo para el santo.

A partir de entonces, se realizan exposiciones más o menos cada diez años (la última tuvo lugar en 2004).

En 1946, y considerando la importancia alcanzada por la Iglesia como centro de peregrinación, el papa Pío XII elevó la iglesia al rango de Basílica menor', convirtiéndose así en la Basílica del Buen Jesús.

Finalmente, en 1956, el Patriarca de Goa decidió devolver la Basílica y la Residencia a los jesuitas.