Ese último año, ingresó a la Orden de la Merced, en el Colegio San Pedro Nolasco estudió filosofía y teología emitiendo sus votos en 1781.

Impartió clases de estos mismos estudios durante seis años, se ordenó sacerdote en 1789.

Durante esa época España mantenía una guerra contra Gran Bretaña a consecuencia del Tratado de San Ildefonso, por tal motivo el fraile mercedario tenía intenciones de esperar algún tiempo en la Nueva España, y continuar su viaje cuando terminase el conflicto bélico.

Pero muy pronto entabló relaciones amistosas con los hombres más distinguidos de la sociedad novohispana y decidió quedarse.

[4]​ Durante el siglo XVIII y principios del XIX en Nueva España, al igual que en Europa, existió una disputa teológica al respecto del problema de arrepentimiento en el sacramento de la penitencia o confesión.

Los dominicos publicaron una réplica y en diciembre del mismo año fray Ramón de Casaús desacreditó a San Fermín.

Al año siguiente San Fermín publicó una aplogía bajo el nombre de Defensa del Homo attritus, pero nuevamente fue censurado.

Nuevamente Beristáin apoyó a los carmelitas y autorizó la impresión del sermón, del que se refirió como «una pieza oratoria de las más completas que se han dicho en nuestros púlpitos».

Los ánimos se calmaron y tiempo después, tanto Casaús como San Fermín fueron nombrados obispos.

Mientras tanto, en la Nueva España, los integrantes del Ayuntamiento pidieron al virrey José de Iturrigaray hacer lo mismo.

Villaurrutia propuso un congreso menos numeroso, representado por corporaciones civiles, eclesiásticas y militares.

Al mismo tiempo, se giraron órdenes para aprehender a Primo de Verdad, Azcárate y Talamantes.

[15]​ Una vez depuesto Iturrigaray, el oidor Vidaurrieta puso a disposición de la Audiencia los cuadernos que habían preparado los criollos.

En su dedicatoria señaló que «en ausencia del rey, la nación recobra inmediatamente su potestad legislativa, como todos los demás privilegios y derechos de la Corona»,[17]​ por otra parte, expuso sus ideas para proteger a los territorios de una posible invasión.

Convocar un concilio provincial, para acordar los medios de suplir en territorio propio lo que esta reservado al Papa.

Arreglar los ramos de comercio, minería, agricultura e industria, quitándoles las trabas.

De acuerdo al Código Carolino se integró un tribunal mixto, el oidor Ciriaco González Carvajal fue el juez por lo civil y el entonces vicario general doctor Pedro de Fonte fungió como juez eclesiástico.

Debería ser embarcado posteriormente a España y puesto a disposición de la Junta Suprema Central, la cual se había constituido pocos días después del golpe de Estado.