La velada tuvo lugar en casa de don Manuel Payno; estaban ahí, entre otros, Guillermo Prieto, Ignacio Ramírez y Vicente Riva Palacio.

Dice don Agustín Yáñez: "desde aquella velada, Sierra ocupó un sitio de preferencia en los cenáculos, conmemoraciones y redacciones literarias; fue la sensación del momento en la tribuna en los días clásicos de la patria; en una juventud que se consagró a la literatura, Sierra incursionó en el relato, en el cuento, la novela y el teatro."

En colaboración con Manuel Gutiérrez Nájera, Francisco Sosa y Jesús E. Valenzuela creó la Revista Nacional de Letras y Ciencias donde se publicó su libro La evolución política del pueblo mexicano.

En lo económico creía que la generación de la riqueza debía estar unida a una responsabilidad social.

Poesías, cuentos, novela, narraciones, discursos, doctrinas políticas y educativas, viajes, ensayos críticos, artículos periodísticos, epístolas, libros históricos y biográficos, forman el valioso material de la obra de Justo Sierra Méndez.

Sus Obras completas, publicadas por la UNAM en 1948 y reeditadas en 1977, constan de quince tomos.

En donde estaba, al pie del altar, allí quedó, y en nuestros días yace todavía en grandes grupos en el mismo estado, con las mismas costumbres y las mismas supersticiones: tiene que silbar mucho tiempo la locomotora en sus oídos para arrancarla del sueño, tiene la escuela que soplar la verdad en sus almas por dos o tres generaciones todavía para hacerla andar.

Se reprodujo después, más una claridad apuntaba en el horizonte; pero antes, no: en la noche.

A través de la Constitución y la Reforma veía la redención de la república indígena; ése era su verdadero ideal, a éste fue devoto siempre; emanciparla del clérigo, de la servidumbre rural, de la ignorancia, del retraimiento, del silencio, ése fue su recóndito y religioso anhelo; por eso fue liberal, por eso fue reformista, por eso fue grande; no es cierto que fuese un impasible, sufrió mucho y sintió mucho; no se removía su color, pero sí su corazón; moralmente es una entidad que forma vértice en la pirámide oscura de nuestras luchas civiles.

Así nuestra personalidad nacional, al ponerse en relación directa con el mundo, se ha fortificado, ha crecido.

Esa evolución es incipiente sin duda: en comparación de nuestro estado anterior al último tercio del pasado siglo, el camino recorrido es inmenso; y aun en comparación del camino recorrido en el mismo lapso por nuestros vecinos, y ése debe ser virilmente nuestro punto de mira y referencia perpetua, sin ilusiones, que serían mortales, pero sin desalientos, que serían cobardes, nuestro progreso ha dejado de ser insignificante.

IV: 238-239) Justo Sierra ante la condición humana, Facultad de Filosofía y Letras/UNAM 2006 Tanto en su vida, como en la realización de su proyecto educativo y en la forma en la que dio desarrollo a ambos, ya que estos dos no se pueden explicar aislando uno del otro, se constituye y origina la filosofía del Maestro de América.

En ella se encuentra lo que distingue a los pensadores, y difusores de la filosofía, de los filósofos, y en Justo Sierra fue la peculiar duda mezquina la que lo hizo abstraerse como canónico positivista, como persona en su tiempo y en su espacio; no fue un escepticismo como tal, sino una necesidad por aventurarse en la resolución de los problemas nacionales por cuenta propia la que le dio forma a su filosofía.

[2]​ Posteriormente un grupo de jóvenes críticos mexicanos harían más fuerte esta pugna, y con la temprana ayuda del Maestro pudieron perfilar esta compartida inquietud en el ambiente nacional y académico, aquel grupo se haría conocer como “El Ateneo de la Juventud”, mismos que se adhirieron al proyecto educativo de Justo Sierra.

Fue en esta serie de luchas donde la educación comenzaba a caracterizarse como elemento fundamental para perfilar los intereses políticos de partido presentados como los verdaderos intereses nacionales.

[cita requerida] Así resulta que, mientras se delineaban de manera plena dichos intereses, por un lado, los conservadores pensaban con insistencia que en la Universidad necesitaban estudiarse las ciencias positivas y exactas a la par de la enseñanza en humanidades y religión, lo que expresaba como convicción conservadora el hecho de reinstalar la Universidad; con ello, ésta iba retomando el lugar que le correspondía como instrucción superior jerárquica; al contrario, los liberales consideraban como convicción suprimir la Universidad.

La Universidad de 1910 que Justo Sierra llevaría a su realización es una Universidad distinta a la proyectada en 1881, pues ésta ya no buscaba salvaguardar la doctrina del positivismo, ahora su fin atendía más a esta inquietud metafísica que le hacía prefigurar una especie de escepticismo sobre la prédica de Comte y Barreda:[cita requerida] siendo historiador, Justo Sierra se alejaría del positivismo optando más por enfocarse en lo propiamente humano, quedando en él solo el método científico que dicha doctrina le heredó.

[6]​Don Justo Sierra no podía apegarse a ninguna metafísica ni tampoco veía ya en el positivismo verdad alguna, sin embargo no se quedó en un espacio de dudas pues aún contaba con su instinto de historiador; dice Edmundo O’Gorman que fue la fidelidad a la vocación por el estudio del pasado humano que tenía Justo Sierra, lo que le permitió salir del círculo encantado del dogma positivista, pudiendo, con ello, abordar los problemas y preocupaciones filosóficas de su tiempo.

Proyecto que pretendió defender el positivismo mexicano; sin embargo, Sierra deseaba no solo una universidad positivista que formara parte del gobierno, sino también una universidad que emancipe la instrucción superior, esa es la base de su proyecto, pues Sierra ya buscaba la emancipación científica de la instrucción y librarla de las arbitrariedades políticas.

Justo Sierra Méndez es el filósofo mexicano que, al entender su momento, realizó e impulsó los cambios necesarios que el país necesitó y que hasta el día de hoy continúa dependiendo de su obra, su visión, su vida, filosofía y proyecto: la Universidad Nacional de México.

Dos años después, el presidente Francisco I. Madero lo nombró Ministro Plenipotenciario de México en España.

En 1874, Justo Sierra contrajo matrimonio con doña Luz Mayora Carpio, con la que tuvo varios hijos: Luz (1876), Justo (1878), Concepción (1880), María de Jesús, Manuel, Santiago y Gloria, que murió a corta edad.

Su hijo Manuel fue diputado, diplomático y autor del libro Tratado de derecho internacional público.