[5]​ Este fue uno de los motivos por los que los antiguos esclavos no contribuyeron al movimiento de independencia y se mantuvieron en cambio del lado realista, ayudando al principio a derrocar al virrey Iturrigaray en 1808 y continuando leales a la Corona española en la década de 1820, después de que muchos militares y funcionarios públicos españoles habían cambiado su lealtad hacia el México independiente.

[1]​[5]​[6]​ Son notables las mejoras en materia agrícola que realizó en sus haciendas, como obras de riego y canales de gran envergadura que sirvieron para volver productivos terrenos incultivables, además de introducir en sus tierras el cultivo del trigo y del añil.

Posteriormente Fernando fue hecho prisionero y sería mantenido en cautiverio durante seis años.

Según Martín Quirarte: «[...] el atrevido golpe de Gabriel J. de Yermo produjo en la población novohispana una enseñanza: se vio cuán fácil era derribar un gobierno establecido».

[2]​ Una vez que Iturrigaray fue depuesto como virrey, Gabriel de Yermo fue visto como una potencial amenaza para los virreyes Pedro Garibay y Francisco Lizana, quienes aumentaron el número de guardias a su servicio, al tiempo que tanto Yermo como sus allegados comenzaron a recibir amenazas por parte de los partidarios criollos.

Económicamente, mantuvo su liderazgo en el rubro azucarero y se alejó de la producción cárnica luego de 1808, ya que tanto él como otros comerciantes experimentaron una reducción en su negocio debido a plagas que azotaron al ganado bovino y caprino entre 1808 y 1817.

Luego, hacia 1810, estas donaciones las dirigió entonces para aportar contra la causa insurgente encabezada por Hidalgo.

Este cuerpo de caballería le fue ofrecido al virrey Venegas para defender a la Ciudad de México y mantener el buen orden.