Los franceses eran ya vistos como ejército de ocupación contrario al rey Fernando.
Los franceses tuvieron que levantar los asedios y el rey José abandonó la capital para refugiarse en Vitoria.
Cuando Fernando VII partió hacia Bayona, en mayo de 1808, dispuso que todas las instituciones cooperaran con las autoridades francesas.
La mayoría de los notables que asistieron a Bayona no percibieron ninguna contradicción entre su patriotismo y la colaboración con el nuevo rey.
Reconocía la confesionalidad católica del Estado y la prohibición de ejercer cualquier otra religión.
No contenía una declaración expresa sobre la separación de poderes, pero invocaba la independencia del poder judicial.
Las Cortes eran estamentales, al modo del Antiguo Régimen, integradas por el Clero, la Nobleza y el Pueblo.
Salvo en lo tocante al presupuesto, su capacidad para elaborar leyes estaba mediatizada por el poder del monarca.
De hecho, el rey sólo estaba obligado a convocar Cortes una vez cada tres años.
Pero junto al rey José I permanecieron numerosos españoles, que nutrieron su administración y que fueron conocidos como los afrancesados, cuya mera existencia confiere a la Guerra de la Independencia un carácter de guerra civil.
Pero también había escritores, como el dramaturgo Leandro Fernández de Moratín, eruditos como Juan Antonio Llorente o el matemático Alberto Lista, y músicos, como Fernando Sor.
En 1810, la Junta Central tuvo que trasladarse de Sevilla a Cádiz para escapar del avance francés.
Se preveían unas Cortes con representación estamental, pero ni en la metrópoli, ni en las colonias americanas, podían funcionar los mecanismos electorales, por lo que la asamblea perdió su carácter estamental en beneficio de la representación territorial, empleando suplentes entre los propios vecinos de Cádiz.
Las componían 97 diputados (serían 223 en 1813 en Madrid) 47 eran suplentes de entre los residentes en Cádiz, aprobaban un decreto por el que manifestaban representar a la Nación española y se declaraban legítimamente constituidos en Cortes generales y extraordinarias, en las que residía la soberanía nacional.
Animada por gran mayoría del clero, convirtieron la resistencia en una cruzada religiosa y patriótica que contribuyó a que se consolidara un nacionalismo español vinculado a un ideal unitario de Estado y de comunidad cultural.