En México convocó al III Concilio Provincial y se fundaron durante su gestión 15 conventos, iglesias, hospitales y ermitas.

La audiencia acudió al Arzobispo de Puebla, quien siendo juez apostólico para estos casos, confió a un fraile dominico la tarea de absolver a los excomulgados.

Tres oidores revocaron la orden del destierro, pero el Marqués los tomó presos por desacato; y el día 14 la multitud puso fuego al Palacio y el Virrey huyó disfrazado, refugiándose en el convento de San Francisco.

Siguiendo las órdenes del rey, cuando Cerralbo llegó a Nueva España ordenó la inmediata remoción del arzobispo rebelde y restableció a Gelves como virrey por dos días no más (del 31 de octubre al 3 de noviembre) como muestra de que la autoridad del soberano estaba por encima de cualquier grupo social, económico y hasta religioso de la Nueva España.

Dedicó el templo de Guadalupe, llamado artesonado, en 1622, el cual se había comenzado en 1609.