Casó en primeras nupcias con doña Beatriz Vélez de Eulate y en segundas con doña Jerónima Martel.
En diciembre de 1617 el rey Felipe III lo nombró gobernador de Costa Rica, para suceder a Juan de Mendoza y Medrano, pero no asumió el cargo y en su lugar se designó a Alonso del Castillo y Guzmán.
Esto provocó un gran tumulto en la Ciudad de México; Pérez de Baráiz fue sacado del convento y llevado en triunfo por las calles.
La Audiencia depuso al virrey y el palacio virreinal fue saqueado por los amotinados.
El virrey depuesto tuvo que emprender el regreso a España.