En el coro catedralicio se encuentran dos de los órganos dieciochescos más grandes del continente.El coro tenía 48 sitiales realizados a mano por Adrián Suster y Juan Montaño en madera de ayacahuite.En ese mismo año, se llegó a un acuerdo por el cual el coste de la nueva catedral sería compartido por la Corona española, los comendadores y los indígenas bajo la autoridad directa del arzobispo de la Nueva España.Inicialmente se colocaron vigas cruzadas para construir una plataforma, algo que requería altos costos y un constante drenado, al final dicho proyecto se abandonaría no solo por el mencionado coste, sino por las inundaciones sufridas por el centro de la ciudad.El proyecto es disminuido de las siete originales naves a solo cinco: una central, dos procesionales y dos laterales para las 16 capillas.Momento en el que fue sustituido por Manuel Tolsá, arquitecto y escultor impulsor del Neoclásico, quien llegó al país en 1791.Tropas de caballería e infantería hicieron valla al futuro emperador y a su séquito.También se recibieron los restos de José María Morelos, Francisco Javier Mina, Mariano Matamoros y Hermenegildo Galeana.Su postura fue escuchada por muchos empleados que se negaron a jurar la Carta Magna, quienes fueron destituidos de sus puestos por el gobierno mexicano.En el exterior, algunas de las estatuas fueron reparadas o sustituidas por réplicas debido a los daños que presentaban por la contaminación.Por ello, la catedral fue incluida en la World Monuments Fund como uno de los cien sitios en mayor riesgo.[17] Antes de comenzar la subexcavación se tomaron precauciones para salvaguardar la estructura ante algún movimiento imprevisto en la cimentación.La primera de ellas, "La Esperanza", la única que cayó a causa del terremoto, fue restaurada completamente, en tanto "La Fe" y "La Caridad" tuvieron únicamente trabajos de reparación superficial y limpieza; a las tres se les recolocaron elementos ornamentales perdidos a lo largo de dos siglos y finalmente serían fijadas definitivamente, recordando que originalmente solo estaban superpuestas.[58] El retablo se divide en tres calles, presentando una exuberante composición de pilastras, columnas, follaje, guirnaldas y querubines.Se usa para sostener los libros de canto, y está conformado por tres cuerpos.Aunque hay otras dos leyendas sobre el origen del nombre, la primera establece que los condenados por la Inquisición eran llevados al altar para pedir perdón antes de su ejecución.Terminada su bóveda durante el período constructivo de 1624-1648, contó originalmente en su testero con un “retablo reticulado, con soportes salomónicos datable en el último tercio del siglo XVII” dedicado a Santa Ana y con seis tablas de Juan Sánchez Salmerón.El retablo se merece una mención especial por su decoración general en la que sobresalen los variados motivos vegetales e inanimados propios del barroco.En esta capilla se encuentra una escultura alusiva al primer santo mexicano: San Felipe de Jesús.La decoración de toda la capilla es estilo neoclásico pertenece la primera mitad del siglo XIX.La capilla dedicada a la Virgen de la Soledad fue abierta al culto en la segunda mitad del siglo XVII.Ella protege a los albañiles y obreros que participaron en la construcción de la catedral.Dichas cajoneras fueron alteradas en fecha reciente debido, al parecer, a problemas de funcionamiento.Detrás de este, existe un altar con otra escultura geométrica prehispánica ubicada en la parte inferior.[71] La primera iglesia que fue construida en el lugar de la actual catedral también tenía un sagrario aunque su ubicación exacta es desconocida.Sin embargo, en el siglo XVIII se decidió construir una edificio separado pero conectado a la catedral.[22][53] El edificio presenta dos entradas principales desde el exterior; la fachada principal se abre al sur, a la plaza de la Constitución; mientras que la otra se abre al este, a la plaza del Seminario.Las dos fachadas se encuentran ricamente decoradas con columnas de estilo estípite, elemento característico del Churrigueresco.Esta capilla sirve hoy día, para los bautizos que se llevan a cabo en la Catedral Primada de México.Durante todo el periodo virreinal la catedral contó con una intensa y brillante actividad musical organizada por sus correspondientes maestros de capilla.
