Una vez finalizadas las obras del edificio, las mismas continuaron en los siglos siguientes principalmente en la decoración interior y de las capillas.

Está guardada en la Capilla Mayor, y se expone a veneración pública de los fieles todos los viernes.

Contaba con cinco naves cerradas por una cubierta de madera y un claustro contiguo en el que se hallaba la torre del reloj.

Aunque la obra renacentista duró 184 años (desde 1540 hasta 1724) y fueron muchos los arquitectos que dirigieron su construcción,[10]​ presenta una excepcional armonía en sus diferentes estilos.

En el diseño del proyecto colaboró Bartolomé Zumbigo, que dio influencia italiana a la obra.

Se elevan en principio de una planta cuadrangular y sin adornos hasta llegar al primer cuerpo.

El tercero, coincidiendo con la altura a la que se encuentran las nueve figuras de la fachada, está adornado con elementos ornamentales superpuestos.

Entre los contrafuertes interiores se sitúan las diecisiete capillas, agrupadas dobles en cada tramo por la amplitud de los arcos.

[17]​ El resultando es una construcción equilibrada y clásica por la coordinación de sus proporciones, lo que le confiere una gran armonía.

Está cerrado por los cuatro lados con una sencilla reja policromada y abatible realizada por Clemente Ruiz, herrero de Málaga, en el año 1658.

Corona el retablo un Crucificado, con la Magdalena a sus pies, en sus laterales las imágenes de la Virgen y san Juan.

Esta joya fue realizada por el platero cordobés José Francisco de Valderrama en 1731, a petición del obispo Rodrigo Marín Rubio.

En la parte posterior la tabla lleva una inscripción en latín alusiva al autor y a la fecha de realización.

En el testero izquierdo hay un retablo plateresco, segunda mitad del siglo XVIII, con una talla de san Juan Nepomuceno situada en una hornacina.

El testero derecho está ocupado por la pintura Visión de San Antonio, del siglo XVIII.

Originalmente, la capilla fue dedicada a san Pedro Pascual por el obispo mercedario fray Jerónimo Rodríguez de Valderas (1668-1671), que se encuentra enterrado aquí.

El retablo central es barroco, del siglo XVIII, según la línea de Pedro Duque Cornejo.

En la calle central aparece un cuadro del Apóstol Santiago montando a caballo con espada y escudo.

Anteriormente estaba dedicada a santa María Magdalena pero el cabildo cambió la advocación a petición del obispo Agustín Rubín de Ceballos (1780-1793), gran devoto del santo, que encargo el retablo para la misma y que se encuentra sepultado en esta capilla bajo una lápida de mármol.

Carece de estructura arquitectónica, siguiendo la forma ovalada del lienzo de san Miguel, en torno al cual se disponen angelitos en diferentes planos que orientan la mirada al tema central, algunos portan estandartes con los anagramas QSD y JHS, y otros leyendas como:Fecit potentiam in brachio sui.

Entre dos grandes columnas se encuentra una pintura realizada por José Carazo a finales del siglo XVIII.

Aparece rematado por un frontón triangulas y un halo de rayos que lleva escrito el anagrama JHS.

Por su parte, en el testero izquierdo hay un óleo del obispo beato Manuel Basulto Jiménez, obra de José Nogué Massó.

Culmina en el ático con un frontón con tímpano que presenta la figura de Dios Padre y diversas alegorías.

Sobre la sillería alta se encuentran a modo de dosel otras tablas que presentan escenas del Antiguo Testamento, repartidas en 62 tablas y rematando todo por una crestería de talla delicada que en su parte central, coincidiendo con la silla episcopal, se encuentra el escudo del obispo Andrés Cabrejas Molina, bajo cuyo pontificado quedó finalizada la obra.

Sobre el cuadro se encuentra la inscripción: Et erat subditus illi («Y era obediente a sus padres» Lc 2,51).

El acceso a la sala capitular se hace por un gran arco que subraya la monumentalidad del lugar, caracterizado por su composición clásica y su imponente bóveda de cañón decorada con formas geométricas.

Para terminar se encuentran los escudos de la catedral a un lado y el del obispo Sancho Dávila Toledo al otro.

Tiene una doble arquería, la primera rematada con una cornisa superior que sirve de apoyo a la segunda.

Sobre la puerta, hay otra pintura, Magdalena moribunta, la santa aparece rodeada de ángeles tocando instrumentos.