En 1824 el Congreso Local lo nombró Gobernador Constitucional del recién creado Estado de Veracruz.

Al ocupar la presidencia, el general Barragán gozaba de una excelente reputación ganada en los terrenos del patriotismo y en su lealtad a los principios republicanos.

Como presidente se le reconocía por sus caballerosos modales y su mostrada probidad en la administración pública.

El general Barragán fue el primero en tomar las providencias para hacer frente a la rebelión de los texanos que luchaban por su independencia.

Como el general Barragán era muy querido entre los mexicanos, el pueblo acudió al Palacio Nacional para informarse sobre su estado de salud.

Como última voluntad, don Miguel pidió que su cuerpo fuera dividido y conducido a los lugares donde había escrito la historia de su vida.