En este último convento, por las mismas fechas, construyó la sillería del coro.Su obra más conocida fue la sillería del coro de la Catedral de México.Realizada entre los años 1695 y 1697 fue presa del fuego en el incendio de 1967, incendio que también afectó a los órganos, al facistol de origen filipino realizado en 1762 y al Apocalipsis de Juan Correa que remataba el paño frontal del coro.De la parte escultórica sobrevivieron al fuego doce de los cincuenta y nueve tableros que decoraban los sitiales altos.El resto pudo ser reconstruido por el arquitecto Miguel Ángel Soto gracias a las numerosas fotografías que se conservan anteriores al incendio.Como apunte biográfico relevante para el conocimiento de la situación de los escultores y ensambladores en la época en Ciudad de México, merece la pena destacar las reivindicaciones que este colectivo solicitó, a cuyo frente se situó Juan de Rojas, obteniéndolas del virrey en el año 1703, consistentes en que pudiesen establecer gremio independiente del de los carpinteros y contar con ordenanzas propias, como vía para evitar lo que consideraban intrusismo en su profesión y obtener un mayor reconocimiento profesional.
