La construcción se inició en 1796, por orden del virrey Miguel de la Grúa Talamanca de Carini y Branciforte, proyectada por el arquitecto José del Mazo y Avilés.
[6] Su fin principal era el almacenaje de granos, pero esa función duró poco, ya que a los pocos meses, en septiembre de 1810, la ciudad fue tomada por los insurgentes.
Durante la toma de la ciudad, el 28 de septiembre del mismo año, las tropas realistas comandadas por el intendente del centro minero de la ciudad, el militar Juan Antonio Riaño, se acuartelaron dentro de la alhóndiga para resistir a las fuerzas insurgentes comandadas principalmente por el cura Miguel Hidalgo y Costilla, Ignacio Allende y Unzaga, Juan Aldama, Mariano Abasolo y Mariano Jiménez.
El 29 de septiembre la ciudad era irreconocible, totalmente vandalizada y destruida.
La Alhóndiga está rodeada por las calles San Javier, Insurgencia y Mendizabal, así como de la Galarza.