Una semana después fructificaron las negociaciones y las actividades musicales volvieron a la normalidad.

Las autoridades consideraron que el libro era muy importante y se lo compraron a Hernández.

Este libro de coro — conocido como Códice Franco — se ha conservado hasta nuestros días.

Como el Códice Franco no está escrito en notación musical moderna, tuvo que pasar por un proceso de transcripción, realizada por el musicólogo Steven Barwick en 1965.

En un manuscrito del siglo XVI que se encontró en México, llamado Códice Valdés, aparecen dos piezas de música polifónica, cuyo texto son plegarias a la Virgen María en náhuatl.

Dichas piezas fueron atribuidas inicialmente a Hernando Franco, pues el manuscrito era aproximadamente de la misma época del compositor.

Sin embargo, el musicólogo estadounidense Robert Stevenson ha propuesto una hipótesis que descarta esa opción.

En un escrito posterior, Stevenson, que no era documentalista, hispanista, historiador, ni filólogo, se aventuró a afirmar que ese "don" anotado en el texto original constituía una palabra independiente escrita conscientemente y no un error de baile de letras o algún hábito tipográfico de la época, y afirma que el uso de la palabra don en el nombre del autor señala que se trata de un compositor indígena, porque en la Nueva España del siglo XVI solamente los caciques indígenas y los inmigrantes españoles del más alto rango podían usar “don”.

En otro escrito más, Robert Stevenson afirmó que la inscripción “fran co” (las dos últimas letras aparecen como pequeños subíndices) no significaba “Franco”, sino que era la abreviatura común y corriente para el nombre “Francisco”.