El Ejército francés hizo retroceder al español a Cataluña y le infligió una seria derrota en noviembre de 1794.El gobierno español estaba entonces dirigido por José Moñino, conde de Floridablanca, que adoptó una política abiertamente hostil al nuevo régimen francés.[7] Si bien España había hecho un gran esfuerzo durante el siglo XVIII para tener en buen estado la Armada, el Ejército de tierra se encontraba en muy mala situación, ya que una guerra con Francia no se contemplaba por los Pactos de Familia.Envalentonado, el gobierno francés decretó la anexión de ese territorio, la actual Bélgica, provocando una ruptura diplomática con Gran Bretaña.Así lo consignó el embajador español ante la Santa Sede José Nicolás de Azara: «La tragedia con que ha acabado sus días Luis XVI es la más horrenda y abominable que hayan cometido los hombres, y producirá una guerra universal de todas las naciones para vengarla.La alianza anglo-española actuaba contra los intereses franceses, ya que bloqueaba su expansión hacia el Atlántico.[16] La vieja aspiración francesa de anexionarse algunos territorios españoles, crear estados satélites en el País Vasco, Navarra y Cataluña o cambiar el régimen político en España a uno afrancesado, volvía a manifestarse ahora y se manifestaría de nuevo después con Napoleón Bonaparte.[...] En España la Revolución había despertado desconfianza desde el principio entre las instituciones, estamentos y cuerpos españoles...Parecía que había llegado el momento de acabar definitivamente con la amenaza revolucionaria».[26] La Convención por su parte intentó contrarrestar la campaña antifrancesa y contrarrevolucionaria con varios manifiestos como el Aviso al pueblo español o como el llamado Als catalans en los que se destacaba que se había formado una «coalición monstruosa» con todos los tiranos de Europa, pero no tuvo ningún efecto frente a los relatos difundidos por los periódicos sobre la forma de actuar de los franceses —de la toma de Besalú informaron de que «en los templos derribaron las imágenes, las arcabucearon y después se ensuciaron con todo; en algunos pueblos han forzado a las mujeres y muerto a otras»— y sobre las ideas que propagaban, como la «destructora y absurda» idea de la igualdad que «borraba la natural distinción entre dueños y esclavos, próceres e ínfima plebe».[30] Especial gravedad revistió el motín antifrancés que estalló en Valencia en marzo de 1793 durante el cual fueron asaltadas e incendiadas muchas casas de comerciantes que vivían en la ciudad y, paradójicamente, también fueron objeto de la violencia popular los sacerdotes refractarios que estaban allí refugiados por haberse negado a hacer el juramento establecido en la Constitución Civil del Clero.Tres días después derrotó a una fuerza francesa en la batalla de Céret en el río Tec.Desesperado, el anciano comandante francés a cargo del Rosellón, Mathieu Marchant de La Houlière, se suicidó.Las bajas infligidas al ejército dirigido por el general Dagobert fueron de unos 6000 muertos, heridos y capturados.Aun así, Ricardos rechazó a d'Aoust en Le Boulou el 3 de octubre.Continuó atacando las posiciones francesas en Sara, Ciboure y Bidart, destruyendo el fuerte de Hendaya en mayo.Muller reorganizó y refurzó las tropas francesas e impuso la disciplina que les había faltado.A Ventura Caro, sin embargo, le son retiradas tropas para ser enviadas al Rosellón, lo que debilitó su posición.Todos los habitantes de las aldeas fueron responsabilizados por la huida y se les impusieron medidas draconianas.En París veían a los vascos franceses como contrarrevolucionarios, fanáticos religiosos y espías españoles.En esta última operación, Moncey capturó a 2 000 soldados españoles y 300 cañones el 1 de agosto.Moncey siguió la hazaña capturando San Sebastián sin resistencia el 3 de agosto, con otros 1 700 soldados españoles y 90 cañones cayendo en manos francesas.Poco después, los franceses también capturaron la ciudad de Tolosa y Moncey pronto fue ascendido a comandante del ejército.[60][61] Pareció evidente que las autoridades de algunas ciudades vascas españolas estaban entregándolas voluntariamente a los franceses.En las provincias vascas las ideas que traía consigo la Revolución francesa eran vistas con buenos ojos en los entornos burgueses e ilustrados.[65] Sin embargo, con las negociaciones ya en marcha hacia la Paz de Basilea, los representantes de la Convención nacional, Jacques Pinet y Jean-Baptiste Cavaignac, se negaron a aceptar las demandas y los representantes guipuzcoanos fueron encarcelados o exiliados en Bayona.Dadas las circunstancias, el 13 de septiembre se celebró en Mondragón otra asamblea en la que los representantes de la aristocracia provincial asistentes decidieron apoyar a la Corona española y convocaron una milicia provincial autónoma contra el Ejército francés.[67] Durante el invierno Moncey reorganizó su ejército, que había perdido 3000 hombres por enfermedades.Sin embargo, no se llegó a la paz con los portugueses, que siguieron luchando contra Francia hasta la firma del Tratado de Badajoz (1801).[76][77] En el País Vasco la iniciativa la tomó la Junta General de Guipúzcoa que tras la reunión celebrada en Guetaria en junio de 1794 planteó a las autoridades francesas la posible independencia de la «provincia», aunque lo que a ésta le ofrecieron fue integrarse en la República francesa, alternativa «imposible, pues los valores y los conceptos revolucionarios eran absolutamente ajenos al mundo tradicional y corporativo de la sociedad vasca», afirma Enrique Giménez —aunque tras la guerra algunos «colaboracionistas» guipuzcoanos que fueron juzgados mostraron su adhesión a los valores republicanos: «miraban hacia Francia y exclamaban: ¡Viva la República!».
