Toda la obra iniciada por los antecesores estaba falta de «base nacional», es decir, de la infraestructura económica necesaria, y tenía que fundamentarse en las importaciones del extranjero.

Valdés supo obviar ese grave inconveniente y emprendió su gran obra.

En 1785 presentó al rey varios modelos para la bandera de los buques y Carlos III escogió la roja y gualda,[2]​ que más recordaba las glorias españolas, desechando «todo perecedero signo de linaje».

Cuando fue ascendido, exclusivamente por su mérito, ocupaba el puesto número trece del escalafón de tenientes generales.

Al debatirse la cuestión sobre si debía o no existir el almirantazgo, el rey pidió reservadamente a Valdés un detallado informe, sobre la mejor organización de la armada; su parecer se consideraba de gran valor, ya que Valdés había estado doce años al frente de ella.

Esta institución adolecía de algunos defectos que la experiencia y el tiempo hacían palpable.

Valdés proponía restablecer una especie de almirantazgo que se encargase de lo gubernativo, militar y económico y diese al cuerpo una doctrina inmutable, fuese cual fuese el ministro al frente.

Aunque de momento no se admitió esa idea, ya que el ministro no quería organización que limitase sus funciones, en febrero de 1803 se instituyó al fin el Consejo del Almirantazgo.