Estuvo después en La Habana cuando el sitio inglés, donde fue hecho prisionero.
Durante su cautiverio en Londres mantuvo su actividad científica e investigadora.
En 1788-1789 organizó otra expedición, para perfeccionar la anterior, con Fernando de Miera a bordo de las naves Santa Casilda y Santa Eulalia.
En esta expedición participaron como tenientes Cosme de Churruca y Ciriaco Ceballos Neto.
Describió el platino, descubierto en 1735 por Antonio de Ulloa, como nuevo elemento.