Desde el principio de su existencia, el enclave tuvo un carácter marcadamente defensivo frente a la presencia portuguesa en Brasil.Durante 1804-1805, el famoso cartógrafo Andrés de Oyarvide fue ayudante del Gobernador en el Real Apostadero.La mayoría de estos marinos pidieron pasaporte para trasladarse a Montevideo, sin querer reconocer antes a la Primera Junta aduciendo que su comandante los llamaba perentoriamente para escuchar sus órdenes verbales.La Junta para evitar incidentes no forzó la jura ni los retuvo, por lo que la flotilla realista pudo recuperar sus mandos.El apostadero principal de la flota y sede del comandante se situaba en Montevideo.La Junta de Apostadero tenía como presidente al comandante general, con 4 vocales, un asesor y un secretario.Esto le otorgó autonomía administrativa con respecto a la capital virreinal, Buenos Aires, basada en el fuero de guerra y las Reales Ordenanzas que conferían a su máximo responsable (el comandante general del apostadero) el título de justicia mayor del mar (instancia que conocía en toda demanda civil o criminal marítima).Dicho título conllevaba varias prerrogativas en las esferas jurídicas, religiosas o administrativas que provocaron diversos pleitos con la sede del virreinato.Estaba destinado al mantenimiento de los barcos y por eso se lo conoció como Atarazana.Dicha estructura albergó el despacho del comandante y las oficinas administrativas.El 20 de junio Montevideo capituló y el 23 fue arriada la bandera española del apostadero naval, certificando el final del dominio español en el Río de la Plata.Tras un periodo de decadencia, en 1966 el apostadero fue comprado por el Estado uruguayo y puesto bajo la administración del Museo Histórico Nacional.[10] Actualmente, el edificio del antiguo apostadero se encuentra en estado de semiabandono y no es accesible al público.
Pabellón naval español que usó el apostadero de Montevideo y sus buques.