Más tarde prestó servicios en La Habana, Puerto Rico y combatió en la batalla de San Vicente.

Un año más tarde, Elío fue depuesto por el nuevo virrey Baltasar Hidalgo de Cisneros.

En diciembre de ese mismo año de 1810, dirigió una campaña contra las costas del río Uruguay, logrando pasar varias villas a la obediencia a Montevideo; entre ellas, Concepción del Uruguay, Gualeguaychú, Paysandú, Soriano, Mercedes, Colla, etc. Cuando los orientales se alzaron en armas a principios del año siguiente, no pudo evitar que los porteños le enviaran refuerzos, pero al menos retrasó mucho su avance.

Cuentan las crónicas de la época que las familias lo miraban desde las azoteas o desde la playa, mientras almorzaban y se divertían.

Regresó con algunos refuerzos en agosto, y poco después volvió a “bombardear” Buenos Aires; esta vez tuvo el cuidado de que el viento favorable le permitiera acercarse un poco más, con lo que logró destruir algunas casetas armadas por los pescadores en las playas inundables.

Combatió en la derrota naval del Buceo, y fue uno de los prisioneros tomados unos días después, cuando la ciudad se rindió al general Alvear.