Al contrario que Vizcaya o Álava, donde sus Juntas Generales se reunían siempre en un mismo sitio, las Juntas Generales de Guipúzcoa eran itinerantes; es decir, se reunían cada vez en una villa diferente.

Las 18 localidades en las que se reunían las Juntas quedaron fijadas en 1472 y también fue fijado el orden en el que se irían rotando: Segura, Azpeitia, Zarauz, Ordicia, Azcoitia, Zumaya, Fuenterrabía, Vergara, Motrico, Tolosa, Mondragón, San Sebastián, Hernani, Elgóibar, Deva, Rentería, Guetaria y Cestona.

En Guipúzcoa, los concejos o villas más pequeños se agrupaban en Uniones forales que acumulaban los fuegos (votos) de sus componentes y mandaban un único representante común a las Juntas Generales.

Esa ley se aprobó al poco de finalizar la tercera guerra carlista (1872-1876), en la que el País Vasco y Navarra habían sido el principal bastión del pretendiente carlista al trono, que resultó derrotado en la guerra.

El paso fundamental se produjo con la Constitución Española que se aprobó ese mismo año y que derogó definitivamente la ley de 1876 al reconocer los derechos forales de las 4 provincias vasco-navarras en su disposición adicional primera, donde se puede leer: La Constitución ampara y respeta los derechos históricos de los territorios forales.

Las Juntas Generales están formadas actualmente por 51 junteros que son elegidos por sufragio universal.

Las circunscripciones no se ajustan del todo a las tradicionales demarcaciones comarcales; la de Donostialdea no comprende toda la comarca de San Sebastián, sino solo San Sebastián y la subcomarca de Buruntzaldea; Deva-Urola abarca las comarcas del Alto Deva, Bajo Deva, Urola Costa y la subcomarca del Alto Urola.

Existen tres comisiones de régimen interior con carácter permanente en todas las legislaturas: