La institución hunde sus raíces en la Edad Media, cuando representaba a la Tierra Llana, las villas —incluyendo Orduña—, las Encartaciones y el Duranguesado.

Si bien no se conoce con exactitud el origen de las Juntas Generales de Vizcaya, en el siglo XIV ya aparecen perfectamente conformadas y establecidas, lo cual permitiría remontar su pasado al siglo XIII o XII.

[2]​ En las Juntas celebradas en el siglo XIV asistían tanto los representantes de las villas como un conjunto amplio de hombres buenos, hidalgos, caballeros y escuderos etc.[3]​ La convocatoria, en principio, la realizaba el mismo Señor, pero luego pasó a ser una facultad ejercida por el corregidor del señorío a instancia de los síndicos, tras haberlo tratado con los diputados.

En cuanto a la modalidad seguida, desde la Edad Media se hacía tañendo bocinas y haciendo hogueras en los denominados montes bocineros —Deiadar-mendiak, en euskera—: Gorbea, Oiz, Sollube, Ganekogorta y Kolitza, que podían ser vistos desde cualquier parte de la región.

La periodicidad con que se reunía esta institución tampoco era fija, pues si bien en la Edad Media podía reunirse hasta cuatro veces al año, este número pronto disminuyó a una o dos asambleas anuales, que duraban entre uno y tres días.

En cuanto al lugar de reunión, si bien a veces algunas asambleas tuvieron lugar en Arechabalgana y en Idoibalzaga, ya desde el siglo XV las Juntas se celebraron definitivamente en Guernica, bajo el roble próximo a la ermita juradera de Santa María la Antigua.

Sin embargo, hay que señalar que Las Encartaciones y el Duranguesado solo debían acudir a aquellas Juntas en las cuales se debatiesen temas comunes a ambas, y que tanto estos dos territorios como las villas y la ciudad de Orduña no podían participar en la elección de los cargos de gobierno.

[6]​ Este punto no fue cumplido rigurosamente, pues desde 1558 hay constancia de que las villas continuaban acudiendo a Guernica.