Las corrientes fluviales más destacados que desembocan en él son el río Muga, entre las playas de Ampuriabrava y de Can Comes, y el río Fluvià, entre esta última y la de San Pedro Pescador.

El litoral del golfo de Rosas pertenece actualmente a los términos municipales de Rosas (desde la cala Jóncols hasta la desembocadura de la Mugueta), Castellón de Ampurias (hasta la desembocadura del Fluvià), San Pedro Pescador (hasta la desembocadura del río Viejo) y La Escala (hasta la cala Montgó).

Siempre junto al mar, los núcleos de población permanente más importantes son Rosas y La Escala.

Ocupado por los visigodos, los árabes y por los francos, estos establecieron en las tierras ribereñas del golfo el condado de Ampurias, principal dominio feudal de la región hasta la abolición del régimen señorial a mediados del siglo XIX.

Gran parte de la zona desecada se dedicó en un principio al cultivo del arroz y pastos.