A pesar de que entre los siglos VII y XIII el Mediterráneo estaba bajo el dominio islámico, las escuadras ampurdanesas fueron capaces de contestar en repetidas ocasiones el dominio musulmán.
El primer conde titular de Ampurias fue Ermenguer, hacia el año 813, quien posiblemente fue un noble godo local.
Al morir Guillermo en el 850, el condado pasó a manos de diversos condes nombrados por el Emperador hasta que, en el 858, fue entregado al duque y marqués de Gotia, Hunifredo.
En el año 862 el rey franco Carlos el Calvo entregó finalmente el condado a dos hermanos, Suniario II y Dela, que posiblemente eran hijos de Suniario I, quienes iniciaron una dinastía condal que gobernaría también, el Rosellón.
Gasufredo tuvo que mantener - como su padre y sus descendientes- una constante vigilancia ante la piratería musulmana sobre sus costas.
La batalla fue desfavorable para los ampurdaneses: sus naves fueron incendiadas y las infraestructuras portuarias arrasadas.
Parece que Gausfredo fue el primer conde ampurdanés en intitularse conde "por la gracia de Dios" y el primero en acuñar moneda prescindiendo del nombre del rey de Francia, dando a entender que Ampurias había quedado desvinculada a efectos prácticos de la monarquía franca.
Más tarde, la condesa cedíó estos dos alodios y otras posesiones al obispo de Gerona.
Al morir, dejó Perelada a su segundo hijo, Berenguer, y la villa quedó definitivamente separada del condado.
Tras la muerte del rey de Aragón y la derrota occitano-aragonesa en esta batalla, Hugo IV acogió en su condado a numerosos refugiados cátaros, lo que le valió ser excomulgado por el Papa.
Tuvo una hija póstuma, pero la herencia recayó en una rama lateral representada por Hugo VI de la Casa de Cardona, quien era nieto del conde Ponce IV por parte materna.
El Infante Pedro, Pedro I de Ampurias (1325-1341) permutó a su vez en 1341 Ampurias por el Condado de Prades, que poseía su hermano menor Ramón Berenguer I (1341-1364).
Juan I mantuvo unas relaciones tensas con su primo y suegro, el rey Pedro IV de Aragón.
En el 1386 el condado se unió a la corona, aunque le fue retornado en el 1387.
El título fue concedido por Alfonso V el Magnánimo a su hermano Enrique, que murió en 1455.
Fiel al rey, Enrique perdió el condado durante la guerra que le enfrentó con Juan II de Aragón, del 1472 al 1474 aunque posteriormente lo recuperó.