Desde 1799 Francia, con Napoleón Bonaparte en el gobierno, se encontraba en guerra contra la Segunda Coalición formada por el Sacro Imperio Romano Germánico, Reino Unido, Portugal, el reino de Nápoles, Rusia y el Imperio otomano.

Las condiciones del acuerdo fueron las siguientes:[3]​ Tras el armisticio en la península ibérica, tropas portuguesas e irregulares atacaron y ocuparon la región conocida como Misiones Orientales, en América, no devolviéndola nunca a la jurisdicción española y perteneciendo hoy día a Brasil.

El Tratado de Badajoz, junto con los tratados de Lunéville, Florencia y París firmados ese mismo año, por los que Francia acordaba las paces con el Sacro Imperio Romano Germánico, Nápoles y Rusia respectivamente, deshicieron la Segunda Coalición, dejando solo al Reino Unido enfrentado a Francia.

Al año siguiente, estos dos países firmarían la Paz de Amiens, terminando provisionalmente la guerra en Europa.

[5]​ Misiones Orientales, que fue ocupada por Portugal después de firmar la paz, continuó en poder portugués.