Sus principales ríos son el Amazonas, Jari, Oiapoque, Araguari, Calçoene y Maracapu.
La costa del Amapá fue descubierta y reconocida por el español Vicente Yáñez Pinzón.
Por lo tanto, los territorios de las Guayanas fueron colonizados en el siglo XVI por Inglaterra, Países Bajos, Francia, Portugal y España.
El actual estado brasileño de Amapá fue llamado Guayana Portuguesa hasta mediados del siglo XX.
La región sufrió invasiones de ingleses y neerlandeses, expulsados por los portugueses.