Ocuparon en distintos momentos los tronos de España, Portugal, Bohemia, Inglaterra, Hungría, Croacia y el Segundo Imperio Mexicano.
En 1452 el influyente duque de Austria Federico III fue elegido emperador del Sacro Imperio Romano Germánico, y desde ese momento hasta su disolución los Habsburgo controlaron el trono del Sacro Imperio.
Desde el sudoeste de Alemania (principalmente Alsacia, hoy Francia, Brisgovia, Argovia y Turgovia) la familia extendió su influencia y asentamientos a los extremos del sudeste del Sacro Imperio Romano Germánico, aproximadamente lo que es hoy en día Austria (1278-1382).
En solo dos o tres generaciones, los Habsburgo habían logrado obtener un alcance inicialmente intermitente en el trono imperial que duraría siglos (1273-1291, 1298-1308, 1438-1740 y 1745-1806).
Sin embargo, la heredera del último Habsburgo austríaco (María Teresa) se casó con Francisco Esteban, Duque de Lorena, ambos bisnietos del Emperador Habsburgo Fernando III, pero desde diferentes emperatrices.
Se especula a menudo que los matrimonios consanguíneos entre ambas líneas contribuyeron a su extinción, pero hubo pocos matrimonios de este tipo en la línea austríaca.
Los Habsburgo reinaron en España constituyendo la estirpe denominada Casa de Austria.
Así figura en todo tipo de documentos, inscripciones, lápidas, creaciones artísticas contemporáneas a ellos, etc.
Solo desde finales del s. XX se empieza a generalizar de forma imprecisa el uso del apellido Habsburgo para referirse a los de la dinastía que rigió España durante los siglos XVI y XVII.
La descendencia del hermano del emperador Fernando II (archiduque Fernando III) fueron archiduques en Austria Anterior y Condes de Tirol desde que el emperador le cediera estos territorios en 1623.
La nueva Casa real surge cuando el emperador Carlos VI del Sacro Imperio Romano Germánico en sus últimos años de vida emite la Pragmática Sanción de 1713, donde se establece que su hija María Teresa I de Austria, sería la emperatriz germánica y su esposo solo su consorte.
Maximiliano, hermano del emperador de Austria Francisco José, fue convencido por una delegación mexicana del partido conservador, la Iglesia católica y Napoleón III para asumir el trono de México.
Como su matrimonio era morganático, ninguno de sus hijos estaba en la línea de sucesión al trono austro-húngaro por los que a su muerte el archiduque Carlos, luego Carlos I, heredaría el trono.
El reino de Bohemia fue durante siglos una posición elegida por sus nobles.
El rey de Bohemia tendía a ser un Habsburgo, pero no siempre.
Los Habsburgo accedieron por primera vez al trono alemán en 1273, con Rodolfo I (1218-1291).
Previamente habían obtenido los ducados de Austria, Estiria y Carniola.
A partir de entonces, aunque la dignidad imperial siguió siendo teóricamente electiva, quedó vinculada a la Casa de Habsburgo hasta la desaparición del Sacro Imperio (con una breve interrupción en 1740-1745).
Fernando I (1503-1564) recibió el Imperio en 1558 junto con los dominios patrimoniales originales de la Casa en Austria.
Al morir, la rama austriaca de la Casa se dividió, a su vez, en tres líneas: los Habsburgo de Austria (Rodolfo II y Matías, con quien se extingue esta línea en 1619), los del Tirol (que se extinguen en 1666) y los de Estiria (Fernando II, Fernando III, Leopoldo I, José I…).
Las guerras contra Francia resultaron en el fin del dominio austríaco sobre los Países Bajos y el Milanesado (1797), así como sus dominios en la orilla izquierda del Rin (1801).