En muchas ocasiones el sultán del Imperio otomano intervenía directamente en la política interna del Principado, removiendo o colocando en el cargo superior a aquel noble húngaro que le conveniese, pues si bien este Estado era independiente pagaba tributos a los turcos por sus privilegios.

Acudiendo ante la ayuda del sultán turco Solimán el Magnífico, Juan I consiguió que los ejércitos otomanos avanzasen hacia occidente en 1529 y expulsó a las fuerzas imperiales del reino, tras lo cual el nuevo rey húngaro arribó a la ciudad de Buda, donde fijó su corte.

A partir de este momento, los siguientes monarcas Habsburgo fueron reyes de Hungría, y en Transilvania se instauró una monarquía electiva, pues Juan Segismundo murió sin hijos herederos, nombrando la gran asamblea al conde Esteban Báthory como su sucesor en 1571.

Esteban Báthory fue un monarca que reinó con habilidad, el Principado fue elevado paulatinamente a un alto nivel cultural, y adquirió más importancia aún, cuando en 1576 fue elegido como Rey de Polonia.

Esteban Báthory fue entonces la principal figura vinculada con el ascenso del Principado, rápidamente conduciéndolo lentamente hacia una época dorada.

Tras la muerte del príncipe Esteban Bocskai en 1606, no hubo unanimidad en quien debería ser el nuevo gobernante de Transilvania.

Por otra parte se opuso al joven Gabriel Báthory, que había planteado la posibilidad de pactar con los Habsburgo.

Rápidamente Gabriel Báthory pactó con los que perpetraban el alzamiento y en octubre de 1607 llegó a un acuerdo con Segismundo Rákóczi.

Firmó un tratado con el rey húngaro Matías de Habsburgo e hizo que se estableciesen los soldados hajdú.

En 1610, tras llevar una mala política interna que descontentó a los nobles húngaros y al propio emperador germánico, Báthory cometió el error de atacar a los Habsburgo igual que había hecho Bocskai, perdiendo los favores del rey Matías.

Tras recibir la aprobación del sultán turco, Bethlen partió vía Viena con el ejército transilvano, con soldados hajdú y székely para unirse a la Unión Protestante.

En ese mismo año conquistó las ciudades de Kassa, Érsekújvár y Bratislava, llegando también a sus manos la Santa Corona Húngara.

Sin darse por vencido, Bethlen intentó establecer una gran coalición protestante contra los Habsburgo y tomó por esposa a Catalina de Brandeburgo en 1626, a la que la Gran Asamblea designó como su sucesora, puesto que Bethlen no tenía hijos varones.

Por otra parte, Rákóczi otorgó gran libertad a los voivodas rumanos de Valaquia, ganando simpatía entre ellos.

Jorge Rákóczi II aprovechándose de la buena situación interna que le dejó su padre, se volvió hacia la política exterior para ampliar la influencia transilvana en Europa —como había hecho Esteban Báthory un siglo antes—, en un momento en extremo hostil, en el que la enemistad entre los cosacos y polacos se enconaba.

Pero ahora se alió con el propio Carlos X para obtener la corona polaca mediante una invasión militar.

Después de que Rákóczi se negase a comparecer ante el gran visir, este ordenó que los nobles regentes de Transilvania rompiesen las relaciones con él y su gente, pero estos no se atrevían a darle la espalda al príncipe transilvano.

Tras el golpe de Estado, Rákóczi pidió asistencia contra los otomanos al emperador Leopoldo I, pero este no respondió.

Ákos impidió que Francisco Rákóczi I, el hijo del fallecido príncipe destituido, pudiese reclamar sus derechos sucesorios en Transilvania.

Para asegurar la paz, Ákos prometió un enorme tributo a los otomanos, entregándoles también varios territorios húngaros y prometiendo la captura de varios voivodas valacos y del propio Jorge Rákóczi II, con lo que logró que las tropas turcas se retirasen en octubre del mismo año.

Pero el sultán sumido en cólera envió los ejércitos otomanos sobre Transilvania para ocuparla, tras lo cual Kemény huyó a Viena buscando la protección de Leopoldo I.

Miguel Apafi I nuevo monarca transilvano estaba totalmente sometido a la voluntad otomana y así, en 1663, avanzó junto con el gran visir Ahmed Köprülü hacia Viena para atacarla.

Apafi, obedeciendo órdenes del sultán, rechazó auxiliar a las provincias húngaras que se rebelaban contra los Habsburgo y posteriormente, cuando Francia y Polonia emprendieron una guerra contra el Sacro Imperio Romano Germánico en 1671, nuevamente declinó el ofrecimiento de participar por la prohibición de los turcos.

La asamblea transilvana escogió entonces al muy joven Miguel Apafi II como sucesor de su padre el fallecido príncipe del mismo nombre, y le pidieron al emperador germánico Leopoldo I que reconociese la soberanía y gobierno de Transilvania.

Este documento rezaba que Transilvania a partir de ese momento estaba bajo el poder del Sacro Imperio Romano Germánico, y debían pagarle un alto impuesto anual a Leopoldo I, y que tres regentes, de las tres nacionalidades de Transilvania (húngaro, székely y sajón), debían administrar el Estado hasta que Miguel Apafi II cumpliese la edad apropiada para gobernar en nombre del emperador germánico.

Thököly había conducido uan guerra de independencia contra los Habsburgo, y enormes extensiones septentrionales húngaras se hallaban bajo su poder.

Soportaron asedios, hasta que finalmente Zrínyi fue llevada con sus hijos (entre ellos Francisco Rákóczi II) ante el emperador en Viena.

En 1708 se produjo la batalla de Trencín, donde Rákóczi solo tuvo que enfrentar a las tropas germánicas del emperador.

Viendo su causa perdida y sin aliados, Rákóczi huyó a territorios del Imperio otomano, donde murió en el exilio años más tarde.

Sin embargo , el príncipe elegido recibió sus insignias de poder del sultán , y su reinado requirió aprobación.