Por otra parte, el sultán colocó en el trono transilvano a Emérico Thököly, quien era leal a los otomanos y podía resultar una figura de oposición útil contra los Habsburgo.

De inmediato movilizó su ejército contra las tropas transilvanas para obtener el poder, y junto a Zernyest los derrotó.

En 1690 Leopoldo I expidió el Diploma Leopoldinum, donde se decidía la situación jurídico-política de Transilvania.

En Viena se creó la Cancillería Transilvana y Jorge Bánffy fue nombrado regente en 1691.

Posteriormente Kata Bethlen fue tomada como esposa por Miguel Apafi II, matrimonio que no fue aprobado por la corte de Viena, y por esto Apafi tuvo que mudarse a la ciudad de los Habsburgo.