Ese mismo año, Apafi luchó en la campaña en Moldavia, luego en 1655 en Valaquia y en 1657 en Polonia, donde fue llevado prisionero a Crimea con los restos del ejército de Transilvania.

Juan Kemény fue elegido en el lugar de Barcsai, sin embargo los turcos (que mantenían la tutela del gobierno en Transilvania, no habían confirmado la elección.

Tomó parte de las numerosas batallas turcas contra los austríacos como vasallo del sultán, pero ya desde 1664 comenzó a pactar en secreto con los Habsburgo.

Apafi resultó ser un gobernante bastante ineficiente, resolviendo muchos asuntos de Estado su propia esposa Ana Bornemissza y el canciller Miguel Teleki.

El Reino húngaro comenzaba a recuperar su forma luego de casi siglo y medio.